TY - JOUR AU - Manolio, T. A. AU - Collins, F. S. AU - Cox, N. J. AU - Goldstein, D. B. AU - Hindorff, L. A. AU - Hunter, D. J. AU - McCarthy, M. I. AU - Ramos, E. M. AU - Cardon, L. R. AU - Chakravarti, A. AU - Cho, J. H. AU - Guttmacher, A. E. AU - Kong, A. AU - Kruglyak, L. AU - Mardis, E. AU - Rotimi, C. N. AU - Slatkin, M. AU - Valle, D. AU - Whittemore, A. S. AU - Boehnke, M. AU - Clark, A. G. AU - Eichler, E. E. AU - Gibson, G. AU - Haines, J. L. AU - Mackay, T. F. AU - McCarroll, S. A. AU - Visscher, P. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Finding the missing heritability of complex diseases JO - Nature VL - 461 UR - https://doi.org/10.1038/nature08494 DO - 10.1038/nature08494 ID - Manolio2009 ER - TY - JOUR AU - Britton, R. J. AU - Davidson, E. H. PY - 1969 DA - 1969// TI - Gene regulation for higher cells: a theory JO - Science VL - 165 UR - https://doi.org/10.1126/science.165.3891.349 DO - 10.1126/science.165.3891.349 ID - Britton1969 ER - TY - JOUR AU - Hawks, J. AU - Wang, E. T. AU - Cochran, G. M. AU - Harpending, H. C. AU - Moyzis, R. K. PY - 2007 DA - 2007// TI - Recent acceleration of human adaptive evolution JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0707650104 DO - 10.1073/pnas.0707650104 ID - Hawks2007 ER - TY - JOUR AU - Wray, G. A. PY - 2007 DA - 2007// TI - The evolutionary significance of cis-regulatory mutations JO - Nat Rev Genet VL - 8 UR - https://doi.org/10.1038/nrg2063 DO - 10.1038/nrg2063 ID - Wray2007 ER - TY - JOUR AU - Ge, B. AU - Pokholok, D. K. AU - Kwan, T. AU - Grundberg, E. AU - Morcos, L. AU - Verlaan, D. J. AU - Le, J. AU - Koka, V. AU - Lam, K. C. AU - Gagné, V. AU - Dias, J. AU - Hoberman, R. AU - Montpetit, A. AU - Joly, M. M. AU - Harvey, E. J. AU - Sinnett, D. AU - Beaulieu, P. AU - Hamon, R. AU - Graziani, A. AU - Dewar, K. AU - Harmsen, E. AU - Majewski, J. AU - Göring, H. H. AU - Naumova, A. K. AU - Blanchette, M. AU - Gunderson, K. L. AU - Pastinen, T. PY - 2009 DA - 2009// TI - Global patterns of cis variation in human cells revealed by high-density allelic expression analysis JO - Nat Genet VL - 41 UR - https://doi.org/10.1038/ng.473 DO - 10.1038/ng.473 ID - Ge2009 ER - TY - JOUR AU - Stranger, B. E. AU - Nica, A. C. AU - Forrest, M. S. AU - Dimas, A. AU - Bird, C. P. AU - Beazley, C. AU - Ingle, C. E. AU - Dunning, M. AU - Flicek, P. AU - Koller, D. AU - Montgomery, S. AU - Tavaré, S. AU - Deloukas, P. AU - Dermitzakis, E. T. PY - 2007 DA - 2007// TI - Population genomics of human gene expression JO - Nat Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1038/ng2142 DO - 10.1038/ng2142 ID - Stranger2007 ER - TY - JOUR AU - Spielman, R. S. AU - Bastone, L. A. AU - Burdick, J. T. AU - Morley, M. AU - Ewens, W. J. AU - Cheung, V. G. PY - 2007 DA - 2007// TI - Common genetic variants account for differences in gene expression among ethnic groups JO - Nat Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1038/ng1955 DO - 10.1038/ng1955 ID - Spielman2007 ER - TY - JOUR AU - Göring, H. H. AU - Curran, J. E. AU - Johnson, M. P. AU - Dyer, T. D. AU - Charlesworth, J. AU - Cole, S. A. AU - Jowett, J. B. AU - Abraham, L. J. AU - Rainwater, D. L. AU - Comuzzie, A. G. AU - Mahaney, M. C. AU - Almasy, L. AU - MacCluer, J. W. AU - Kissebah, A. H. AU - Collier, G. R. AU - Moses, E. K. AU - Blangero, J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Discovery of expression QTLs using large-scale transcriptional profiling in human lymphocytes JO - Nat Genet VL - 39 UR - https://doi.org/10.1038/ng2119 DO - 10.1038/ng2119 ID - Göring2007 ER - TY - JOUR AU - Zhang, K. AU - Li, J. B. AU - Gao, Y. AU - Egli, D. AU - Xie, B. AU - Deng, J. AU - Li, Z. AU - Lee, J. H. AU - Aach, J. AU - Leproust, E. M. AU - Eggan, K. AU - Church, G. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Digital RNA allelotyping reveals tissue-specific and allele-specific gene expression in human JO - Nat Methods VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.1357 DO - 10.1038/nmeth.1357 ID - Zhang2009 ER - TY - CHAP AU - Heap, G. A. AU - Yang, J. H. AU - Downes, K. AU - Healy, B. C. AU - Hunt, K. A. AU - Bockett, N. AU - Franke, L. AU - Dubois, P. C. AU - Mein, C. A. AU - Dobson, R. J. AU - Albert, T. J. AU - Rodesch, M. J. AU - Clayton, D. G. AU - Todd, J. A. AU - van Heel, D. A. AU - Plagnol, V. PY - 2009 DA - 2009// TI - Genome-wide analysis of allelic expression imbalance in human primary cells by high throughput transcriptome resequencing BT - Hum Mol Gen ID - Heap2009 ER - TY - JOUR AU - Campino, S. AU - Forton, J. AU - Raj, S. AU - Mohr, B. AU - Auburn, S. AU - Fry, A. AU - Mangano, V. D. AU - Vandiedonck, C. AU - Richardson, A. AU - Rockett, K. AU - Clark, T. G. AU - Kwiatkowski, D. P. PY - 2008 DA - 2008// TI - Validating discovered cis-acting regulatory genetic variants: application of an allele specific expression approach to HapMap populations JO - PLoS One VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0004105 DO - 10.1371/journal.pone.0004105 ID - Campino2008 ER - TY - JOUR AU - Serre, D. AU - Gurd, S. AU - Ge, B. AU - Sladek, R. AU - Sinnett, D. AU - Harmsen, E. AU - Bibikova, M. AU - Chudin, E. AU - Barker, D. L. AU - Dickinson, T. AU - Fan, J. B. AU - Hudson, T. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Differential allelic expression in the human genome: a robust approach to identify genetic and epigenetic cis-acting mechanisms regulating gene expression JO - PLoS Genet VL - 4 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000006 DO - 10.1371/journal.pgen.1000006 ID - Serre2008 ER - TY - JOUR AU - Johnson, A. D. AU - Zhang, Y. AU - Papp, A. C. AU - Pinsonneault, J. K. AU - Lim, J. E. AU - Saffen, D. AU - Dai, Z. AU - Wang, D. AU - Sadee, W. PY - 2008 DA - 2008// TI - Polymorphisms affecting gene transcription and mRNA processing in pharmacogenetic candidate genes: detection through allelic expression imbalance in human target tissues JO - Pharmacogenet Genomics VL - 18 UR - https://doi.org/10.1097/FPC.0b013e3283050107 DO - 10.1097/FPC.0b013e3283050107 ID - Johnson2008 ER - TY - JOUR AU - Johnson, A. D. AU - Wang, D. AU - Sadée, W. PY - 2005 DA - 2005// TI - Polymorphisms affecting gene regulation and mRNA processing: broad implications for pharmacogenetics JO - Pharmacol Ther VL - 106 UR - https://doi.org/10.1016/j.pharmthera.2004.11.001 DO - 10.1016/j.pharmthera.2004.11.001 ID - Johnson2005 ER - TY - JOUR AU - Gimelbrant, A. AU - Hutchinson, J. N. AU - Thompson, B. R. AU - Chess, A. PY - 2007 DA - 2007// TI - Widespread monoallelic expression on human autosomes JO - Science VL - 318 UR - https://doi.org/10.1126/science.1148910 DO - 10.1126/science.1148910 ID - Gimelbrant2007 ER - TY - JOUR AU - Plagnol, V. AU - Uz, E. AU - Wallace, C. AU - Stevens, H. AU - Clayton, D. AU - Ozcelik, T. AU - Todd, J. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Extreme clonality in lymphoblastoid cell lines with implications for allele specific expression analyses JO - PLoS One VL - 3 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0002966 DO - 10.1371/journal.pone.0002966 ID - Plagnol2008 ER - TY - JOUR AU - Gingeras, T. R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Implications of non-co-linear transcripts JO - Nature VL - 461 UR - https://doi.org/10.1038/nature08452 DO - 10.1038/nature08452 ID - Gingeras2009 ER - TY - JOUR AU - He, Y. AU - Vogelstein, B. AU - Velculescu, V. E. AU - Papadopoulos, N. AU - Kinzler, K. W. PY - 2008 DA - 2008// TI - The antisense transcritpomes of human cells JO - Science VL - 322 UR - https://doi.org/10.1126/science.1163853 DO - 10.1126/science.1163853 ID - He2008 ER - TY - JOUR AU - Wang, E. T. AU - Sandberg, R. AU - Luo, S. AU - Khrebtukova, I. AU - Zhang, L. AU - Mayr, C. AU - Kingsmore, S. F. AU - Schroth, G. P. AU - Burge, C. B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Alternative isoform regulation in human tissue transcriptomes JO - Nature VL - 456 UR - https://doi.org/10.1038/nature07509 DO - 10.1038/nature07509 ID - Wang2008 ER - TY - JOUR AU - Zhang, Y. AU - Bertolino, A. AU - Fazio, L. AU - Blasi, G. AU - Rampino, A. AU - Romano, R. AU - Lee, M. L. AU - Xiao, T. AU - Papp, A. AU - Wang, D. AU - Sadee, W. PY - 2007 DA - 2007// TI - Polymorphisms in human dopamine D2 receptor gene affect gene expression, splicing, and neuronal activity during working memory JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 104 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0707106104 DO - 10.1073/pnas.0707106104 ID - Zhang2007 ER - TY - JOUR AU - Biro, J. C. PY - 2008 DA - 2008// TI - Correlation between nucleotide composition and folding energy of coding sequences with special attention to wobble bases JO - Theor Biol Med Model VL - 5 UR - https://doi.org/10.1186/1742-4682-5-14 DO - 10.1186/1742-4682-5-14 ID - Biro2008 ER - TY - JOUR AU - Dimas, A. S. AU - Deutsch, S. AU - Stranger, B. E. AU - Montgomery, S. B. AU - Borel, C. AU - Attar-Cohen, H. AU - Ingle, C. AU - Beazley, C. AU - Gutierrez Arcelus, M. AU - Sekowska, M. AU - Gagnebin, M. AU - Nisbett, J. AU - Deloukas, P. AU - Dermitzakis, E. T. AU - Antonarakis, S. E. PY - 2009 DA - 2009// TI - Common regulatory variation impacts gene expression in a cell type-dependent manner JO - Science VL - 325 UR - https://doi.org/10.1126/science.1174148 DO - 10.1126/science.1174148 ID - Dimas2009 ER - TY - JOUR AU - Heintzman, N. D. AU - Hon, G. C. AU - Hawkins, R. D. AU - Kheradpour, P. AU - Stark, A. AU - Harp, L. F. AU - Ye, Z. AU - Lee, L. K. AU - Stuart, R. K. AU - Ching, C. W. AU - Ching, K. A. AU - Antosiewicz-Bourget, J. E. AU - Liu, H. AU - Zhang, X. AU - Green, R. D. AU - Lobanenkov, V. V. AU - Stewart, R. AU - Thomson, J. A. AU - Crawford, G. E. AU - Kellis, M. AU - Ren, B. PY - 2009 DA - 2009// TI - Histone modifications at human enhancers reflect global cell-type-specific gene expression JO - Nature VL - 459 UR - https://doi.org/10.1038/nature07829 DO - 10.1038/nature07829 ID - Heintzman2009 ER - TY - JOUR AU - Wang, D. AU - Chen, H. AU - Momary, K. M. AU - Cavallari, L. H. AU - Johnson, J. A. AU - Sadee, W. PY - 2008 DA - 2008// TI - Regulatory polymorphism in vitamin K epoxide reductase complex subunit 1 (VKORC1) affects gene expression and warfarin dose requirement JO - Blood VL - 112 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2008-03-144899 DO - 10.1182/blood-2008-03-144899 ID - Wang2008 ER - TY - JOUR AU - Lim, J. E. AU - Pinsonneault, J. AU - Sadee, W. AU - Saffen, D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Tryptophan hydroxylase 2 (TPH2) haplotypes predict levels of TPH2 mRNA expression in human pons JO - Mol Psychiatry VL - 12 ID - Lim2007 ER -