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Table 1 HLA genotypes of Illumina Human Body Map individuals determined by seq2HLA

From: HLA typing from RNA-Seq sequence reads

HLA class I   HLA-A HLA-B HLA-C
Tissue Sample Id A1 P A2 P B1 P B2 P C1 P C2 P
Adipose FCB1 A*01 2E-01 A*24 2E-02 B*27 7E-04 B*08 4E-03 C*02 5E-14 C*07 8E-03
Adrenal FCB2 A*25 3E-04 A*03 4E-02 B*18 1E-09 B*40 1E-02 C*02 2E-03 C*12 1E-01
Brain FCB3 A*02 2E-11 homoz 6E-02 B*35 9E-03 B*07 2E-03 C*04 2E-04 C*07 1E-02
Breast FCB4 A*03 1E-02 A*02 4E-04 B*13 5E-09 B*40 3E-03 C*02 3E-03 C*06 4E-02
Colon FCB5 A*01 6E-02 A*03 2E-02 B*08 2E-03 B*13 1E-04 C*06 1E-02 C*07 7E-03
Heart FCB7 A*24 6E-02 A*01 2E-02 B*27 5E-08 B*37 6E-06 C*02 6E-03 C*06 3E-02
Kidney FCB6 A*24 3E-02 A*03 7E-03 B*50 7E-03 B*55 2E-02 C*06 4E-05 C*03 8E-03
Liver FCB8 A*02 3E-09 A*03 5E-03 B*44 2E-11 B*35 1E-03 C*05 1E-01 C*04 3E-02
Lung FCA8 A*24 8E-03 A*11 4E-03 B*81 8E-02 B*07 5E-02 C*04 6E-04 C*07 1E-02
Lymph node FCA7 A*01 4E-04 homoz 5E-02 B*08 4E-07 homoz 6E-01 C*07 2E-13 homoz 1E-04
Ovary FCA3 A*26 4E-02 A*23 4E-02 B*58 3E-06 B*51 1E-01 C*03 9E-03 C*07 9E-03
Prostate FCA6 A*24 5E-04 A*02 5E-04 B*14 3E-05 B*41 3E-03 C*08 2E-01 C*06 3E-02
Skeletal muscle FCA5 A*29 2E-04 A*02 2E-03 B*39 6E-03 B*44 6E-06 C*02 2E-05 C*12 1E-01
Testes FCA2 A*01 5E-02 A*03 3E-02 B*47 1E-03 B*14 5E-04 C*06 3E-05 homoz 2E-04
Thyroid FCA1 A*24 2E-05 A*02 7E-04 B*14 2E-12 B*15 4E-02 C*08 5E-02 C*03 8E-03
White blood cells FCA4 A*25 2E-04 A*03 2E-02 B*07 5E-02 B*40 7E-03 C*03 2E-03 C*07 9E-03
HLA class II   HLA-DQA HLA-DQB HLA-DRB
Tissue Sample Id A1 P A2 P B1 P B2 P B1 P B2 P
Adipose FCB1 DQA1*05 0E+00 DQA1*03 0E+00 DQB1*02 3E-01 DQB1*03 4E-01 DRB1*03 7E-03 DRB1*11 2E-01
Adrenal FCB2 DQA1*02 6E-02 DQA1*01 3E-01 DQB1*06 3E-02 DQB1*02 3E-01 DRB1*15 3E-02 DRB1*07 1E-02
Brain FCB3 DQA1*03 2E-07 DQA1*01 4E-01 DQB1*05 2E-02 DQB1*03 3E-01 DRB1*01 9E-03 DRB1*04 1E-02
Breast FCB4 DQA1*03 1E-05 DQA1*05 3E-01 DQB1*02 1E-01 DQB1*03 4E-01 DRB1*03 3E-02 DRB1*04 2E-02
Colon FCB5 - NA - NA DQB1*02 0E+00 homoz NA DRB1*03 7E-02 DRB1*07 2E-02
Heart FCB7 DQA1*03 5E-02 DQA1*01 3E-01 DQB1*06 8E-03 DQB1*03 3E-01 DRB1*04 1E-03 DRB1*15 5E-02
Kidney FCB6 DQA1*02 2E-01 DQA1*01 4E-01 DQB1*05 1E-02 DQB1*02 2E-01 DRB1*15 3E-02 DRB1*07 2E-02
Liver Lung FCB8 FCA8 DQA1*03 DQA1*04 2E-01 2E-01 DQA1*01 DQA1*01 0E+00 4E-01 DQB1*06 DQB1*06 1E-03 1E-01 homoz DQB1*04 1E+00 4E-01 DRB1*13 DRB1*08 4E-02 1E-01 DRB1*04 DRB1*15 3E-02 3E-02
Lymph node FCA7 DQA1*02 0E+00 homoz 6E-02 DQB1*02 1E-01 DQB1*03 3E-01 DRB1*07 0E+00 DRB1*15 3E-01
Ovary FCA3 DQA1*01 1E-11 DQA1*05 0E+00 DQB1*05 7E-03 homoz NA DRB1*10 2E-10 DRB1*12 2E-02
Prostate FCA6 DQA1*03 5E-11 DQA1*05 3E-01 DQB1*02 5E-02 DQB1*03 4E-01 DRB1*04 0E+00 DRB1*15 3E-01
Skeletal muscle FCA5 DQA1*01 0E+00 homoz NA DQB1*06 8E-02 DQB1*05 0E+00 DRB1*01 0E+00 DRB1*13 1E-01
Testes FCA2 DQA1*01 0E+00 DQA1*02 4E-01 DQB1*06 0E+00 DQB1*02 0E+00 DRB1*07 2E-02 DRB1*13 3E-01
Thyroid FCA1 DQA1*05 5E-01 DQA1*01 4E-01 DQB1*05 3E-02 DQB1*03 4E-01 DRB1*01 2E-03 DRB1*11 1E-01
White blood cells FCA4 DQA1*01 4E-02 DQA1*05 2E-01 DQB1*05 3E-01 DQB1*03 2E-01 DRB1*12 1E-02 DRB1*01 1E-02
  1. HLA, human leukocyte antigen; NA, no reads detectable.