Skip to main content

Table 1 HLA genotypes of Illumina Human Body Map individuals determined by seq2HLA

From: HLA typing from RNA-Seq sequence reads

HLA class I

 

HLA-A

HLA-B

HLA-C

Tissue

Sample Id

A1

P

A2

P

B1

P

B2

P

C1

P

C2

P

Adipose

FCB1

A*01

2E-01

A*24

2E-02

B*27

7E-04

B*08

4E-03

C*02

5E-14

C*07

8E-03

Adrenal

FCB2

A*25

3E-04

A*03

4E-02

B*18

1E-09

B*40

1E-02

C*02

2E-03

C*12

1E-01

Brain

FCB3

A*02

2E-11

homoz

6E-02

B*35

9E-03

B*07

2E-03

C*04

2E-04

C*07

1E-02

Breast

FCB4

A*03

1E-02

A*02

4E-04

B*13

5E-09

B*40

3E-03

C*02

3E-03

C*06

4E-02

Colon

FCB5

A*01

6E-02

A*03

2E-02

B*08

2E-03

B*13

1E-04

C*06

1E-02

C*07

7E-03

Heart

FCB7

A*24

6E-02

A*01

2E-02

B*27

5E-08

B*37

6E-06

C*02

6E-03

C*06

3E-02

Kidney

FCB6

A*24

3E-02

A*03

7E-03

B*50

7E-03

B*55

2E-02

C*06

4E-05

C*03

8E-03

Liver

FCB8

A*02

3E-09

A*03

5E-03

B*44

2E-11

B*35

1E-03

C*05

1E-01

C*04

3E-02

Lung

FCA8

A*24

8E-03

A*11

4E-03

B*81

8E-02

B*07

5E-02

C*04

6E-04

C*07

1E-02

Lymph node

FCA7

A*01

4E-04

homoz

5E-02

B*08

4E-07

homoz

6E-01

C*07

2E-13

homoz

1E-04

Ovary

FCA3

A*26

4E-02

A*23

4E-02

B*58

3E-06

B*51

1E-01

C*03

9E-03

C*07

9E-03

Prostate

FCA6

A*24

5E-04

A*02

5E-04

B*14

3E-05

B*41

3E-03

C*08

2E-01

C*06

3E-02

Skeletal muscle

FCA5

A*29

2E-04

A*02

2E-03

B*39

6E-03

B*44

6E-06

C*02

2E-05

C*12

1E-01

Testes

FCA2

A*01

5E-02

A*03

3E-02

B*47

1E-03

B*14

5E-04

C*06

3E-05

homoz

2E-04

Thyroid

FCA1

A*24

2E-05

A*02

7E-04

B*14

2E-12

B*15

4E-02

C*08

5E-02

C*03

8E-03

White blood cells

FCA4

A*25

2E-04

A*03

2E-02

B*07

5E-02

B*40

7E-03

C*03

2E-03

C*07

9E-03

HLA class II

 

HLA-DQA

HLA-DQB

HLA-DRB

Tissue

Sample Id

A1

P

A2

P

B1

P

B2

P

B1

P

B2

P

Adipose

FCB1

DQA1*05

0E+00

DQA1*03

0E+00

DQB1*02

3E-01

DQB1*03

4E-01

DRB1*03

7E-03

DRB1*11

2E-01

Adrenal

FCB2

DQA1*02

6E-02

DQA1*01

3E-01

DQB1*06

3E-02

DQB1*02

3E-01

DRB1*15

3E-02

DRB1*07

1E-02

Brain

FCB3

DQA1*03

2E-07

DQA1*01

4E-01

DQB1*05

2E-02

DQB1*03

3E-01

DRB1*01

9E-03

DRB1*04

1E-02

Breast

FCB4

DQA1*03

1E-05

DQA1*05

3E-01

DQB1*02

1E-01

DQB1*03

4E-01

DRB1*03

3E-02

DRB1*04

2E-02

Colon

FCB5

-

NA

-

NA

DQB1*02

0E+00

homoz

NA

DRB1*03

7E-02

DRB1*07

2E-02

Heart

FCB7

DQA1*03

5E-02

DQA1*01

3E-01

DQB1*06

8E-03

DQB1*03

3E-01

DRB1*04

1E-03

DRB1*15

5E-02

Kidney

FCB6

DQA1*02

2E-01

DQA1*01

4E-01

DQB1*05

1E-02

DQB1*02

2E-01

DRB1*15

3E-02

DRB1*07

2E-02

Liver

Lung

FCB8

FCA8

DQA1*03

DQA1*04

2E-01

2E-01

DQA1*01

DQA1*01

0E+00

4E-01

DQB1*06

DQB1*06

1E-03

1E-01

homoz

DQB1*04

1E+00

4E-01

DRB1*13

DRB1*08

4E-02

1E-01

DRB1*04

DRB1*15

3E-02

3E-02

Lymph node

FCA7

DQA1*02

0E+00

homoz

6E-02

DQB1*02

1E-01

DQB1*03

3E-01

DRB1*07

0E+00

DRB1*15

3E-01

Ovary

FCA3

DQA1*01

1E-11

DQA1*05

0E+00

DQB1*05

7E-03

homoz

NA

DRB1*10

2E-10

DRB1*12

2E-02

Prostate

FCA6

DQA1*03

5E-11

DQA1*05

3E-01

DQB1*02

5E-02

DQB1*03

4E-01

DRB1*04

0E+00

DRB1*15

3E-01

Skeletal muscle

FCA5

DQA1*01

0E+00

homoz

NA

DQB1*06

8E-02

DQB1*05

0E+00

DRB1*01

0E+00

DRB1*13

1E-01

Testes

FCA2

DQA1*01

0E+00

DQA1*02

4E-01

DQB1*06

0E+00

DQB1*02

0E+00

DRB1*07

2E-02

DRB1*13

3E-01

Thyroid

FCA1

DQA1*05

5E-01

DQA1*01

4E-01

DQB1*05

3E-02

DQB1*03

4E-01

DRB1*01

2E-03

DRB1*11

1E-01

White blood cells

FCA4

DQA1*01

4E-02

DQA1*05

2E-01

DQB1*05

3E-01

DQB1*03

2E-01

DRB1*12

1E-02

DRB1*01

1E-02

  1. HLA, human leukocyte antigen; NA, no reads detectable.