TY - JOUR AU - Aylward, G. P. PY - 2002 DA - 2002// TI - Methodological issues in outcome studies of at-risk infants JO - J Pediatr Psychol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1093/jpepsy/27.1.37 DO - 10.1093/jpepsy/27.1.37 ID - Aylward2002 ER - TY - BOOK AU - Behrman, R. E. AU - Butler, A. C. PY - 2007 DA - 2007// TI - Preterm Birth: Causes, Consequences and Prevention PB - The National Academies Press CY - Washington DC ID - Behrman2007 ER - TY - JOUR AU - Kwinta, P. AU - Pietrzyk, J. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Preterm birth and respiratory disease in later life JO - Expert Rev Respir Med VL - 4 UR - https://doi.org/10.1586/ers.10.59 DO - 10.1586/ers.10.59 ID - Kwinta2010 ER - TY - JOUR AU - Hille, E. T. AU - Weisglas-Kuperus, N. AU - van Goudoever, J. B. AU - Jacobusse, G. W. AU - Ens-Dokkum, M. H. AU - de Groot, L. AU - Wit, J. M. AU - Geven, W. B. AU - Kok, J. H. AU - de Kleine, M. J. PY - 2007 DA - 2007// TI - Functional outcomes and participation in young adulthood for very preterm and very low birth weight infants: the Dutch Project on Preterm and Small for Gestational Age Infants at 19 years of age JO - Pediatrics VL - 120 UR - https://doi.org/10.1542/peds.2006-2407 DO - 10.1542/peds.2006-2407 ID - Hille2007 ER - TY - JOUR AU - Geldof, C. J. AU - van Wassenaer, A. G. AU - de Kieviet, J. F. AU - Kok, J. H. AU - Oosterlaan, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Visual perception and visual-motor integration in very preterm and/or very low birth weight children: a meta-analysis JO - Res Dev Disabil VL - 33 UR - https://doi.org/10.1016/j.ridd.2011.08.025 DO - 10.1016/j.ridd.2011.08.025 ID - Geldof2012 ER - TY - JOUR AU - Kerkhof, G. F. AU - Breukhoven, P. E. AU - Leunissen, R. W. AU - Willemsen, R. H. AU - Hokken-Koelega, A. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Does Preterm Birth Influence Cardiovascular Risk in Early Adulthood? JO - J Pediatr VL - 161 UR - https://doi.org/10.1016/j.jpeds.2012.03.048 DO - 10.1016/j.jpeds.2012.03.048 ID - Kerkhof2012 ER - TY - JOUR AU - Amatuzzi, M. AU - Liberman, M. C. AU - Northrop, C. PY - 2011 DA - 2011// TI - Selective inner hair cell loss in prematurity: a temporal bone study of infants from a neonatal intensive care unit JO - J Assoc Res Otolaryngol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1007/s10162-011-0273-4 DO - 10.1007/s10162-011-0273-4 ID - Amatuzzi2011 ER - TY - JOUR AU - McMahon, E. AU - Wintermark, P. AU - Lahav, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Auditory brain development in premature infants: the importance of early experience JO - Ann N Y Acad Sci VL - 1252 UR - https://doi.org/10.1111/j.1749-6632.2012.06445.x DO - 10.1111/j.1749-6632.2012.06445.x ID - McMahon2012 ER - TY - JOUR AU - Jongbloed-Pereboom, M. AU - Janssen, A. J. AU - Steenbergen, B. AU - Nijhuis-van der Sanden, M. W. PY - 2012 DA - 2012// TI - Motor learning and working memory in children born preterm: a systematic review JO - Neurosci Biobehav Rev VL - 36 UR - https://doi.org/10.1016/j.neubiorev.2012.02.005 DO - 10.1016/j.neubiorev.2012.02.005 ID - Jongbloed-Pereboom2012 ER - TY - JOUR AU - Aarnoudse-Moens, C. S. AU - Weisglas-Kuperus, N. AU - van Goudoever, J. B. AU - Oosterlaan, J. PY - 2009 DA - 2009// TI - Meta-analysis of neurobehavioral outcomes in very preterm and/or very low birth weight children JO - Pediatrics VL - 124 UR - https://doi.org/10.1542/peds.2008-2816 DO - 10.1542/peds.2008-2816 ID - Aarnoudse-Moens2009 ER - TY - JOUR AU - Feil, R. AU - Fraga, M. F. PY - 2011 DA - 2011// TI - Epigenetics and the environment: emerging patterns and implications JO - Nat Rev Genet VL - 13 ID - Feil2011 ER - TY - JOUR AU - Jaenisch, R. AU - Bird, A. PY - 2003 DA - 2003// TI - Epigenetic regulation of gene expression: how the genome integrates intrinsic and environmental signals JO - Nature Genet VL - 33 UR - https://doi.org/10.1038/ng1089 DO - 10.1038/ng1089 ID - Jaenisch2003 ER - TY - JOUR AU - Cropley, J. E. AU - Suter, C. M. AU - Beckman, K. B. AU - Martin, D. I. PY - 2006 DA - 2006// TI - Germ-line epigenetic modification of the murine A vy allele by nutritional supplementation JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 103 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0607090103 DO - 10.1073/pnas.0607090103 ID - Cropley2006 ER - TY - JOUR AU - Dolinoy, D. C. PY - 2008 DA - 2008// TI - The agouti mouse model: an epigenetic biosensor for nutritional and environmental alterations on the fetal epigenome JO - Nutr Rev VL - 66 UR - https://doi.org/10.1111/j.1753-4887.2008.00056.x DO - 10.1111/j.1753-4887.2008.00056.x ID - Dolinoy2008 ER - TY - JOUR AU - Li, C. C. AU - Cropley, J. E. AU - Cowley, M. J. AU - Preiss, T. AU - Martin, D. I. AU - Suter, C. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - A sustained dietary change increases epigenetic variation in isogenic mice JO - PLoS Genet VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1001380 DO - 10.1371/journal.pgen.1001380 ID - Li2011 ER - TY - JOUR AU - Weaver, I. C. AU - Cervoni, N. AU - Champagne, F. A. AU - D'Alessio, A. C. AU - Sharma, S. AU - Seckl, J. R. AU - Dymov, S. AU - Szyf, M. AU - Meaney, M. J. PY - 2004 DA - 2004// TI - Epigenetic programming by maternal behavior JO - Nat Neurosci VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nn1276 DO - 10.1038/nn1276 ID - Weaver2004 ER - TY - JOUR AU - Murgatroyd, C. AU - Patchev, A. V. AU - Wu, Y. AU - Micale, V. AU - Bockmuhl, Y. AU - Fischer, D. AU - Holsboer, F. AU - Wotjak, C. T. AU - Almeida, O. F. AU - Spengler, D. PY - 2009 DA - 2009// TI - Dynamic DNA methylation programs persistent adverse effects of early-life stress JO - Nat Neurosci VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nn.2436 DO - 10.1038/nn.2436 ID - Murgatroyd2009 ER - TY - JOUR AU - Zhang, T. Y. AU - Labonte, B. AU - Wen, X. L. AU - Turecki, G. AU - Meaney, M. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Epigenetic Mechanisms for the Early Environmental Regulation of Hippocampal Glucocorticoid Receptor Gene Expression in Rodents and Humans JO - Neuropsychopharmacol VL - 38 UR - https://doi.org/10.1038/npp.2012.149 DO - 10.1038/npp.2012.149 ID - Zhang2012 ER - TY - JOUR AU - Sparrow, D. B. AU - Chapman, G. AU - Smith, A. J. AU - Mattar, M. Z. AU - Major, J. A. AU - O'Reilly, V. C. AU - Saga, Y. AU - Zackai, E. H. AU - Dormans, J. P. AU - Alman, B. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - A mechanism for gene-environment interaction in the etiology of congenital scoliosis JO - Cell VL - 149 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.02.054 DO - 10.1016/j.cell.2012.02.054 ID - Sparrow2012 ER - TY - JOUR AU - Lee, H. AU - Jaffe, A. E. AU - Feinberg, J. I. AU - Tryggvadottir, R. AU - Brown, S. AU - Montano, C. AU - Aryee, M. J. AU - Irizarry, R. A. AU - Herbstman, J. AU - Witter, F. R. PY - 2012 DA - 2012// TI - DNA methylation shows genome-wide association of NFIX, RAPGEF2 and MSRB3 with gestational age at birth JO - Int J Epidemiol VL - 41 UR - https://doi.org/10.1093/ije/dyr237 DO - 10.1093/ije/dyr237 ID - Lee2012 ER - TY - JOUR AU - Novakovic, B. AU - Yuen, R. K. AU - Gordon, L. AU - Penaherrera, M. S. AU - Sharkey, A. AU - Moffett, A. AU - Craig, J. M. AU - Robinson, W. P. AU - Saffery, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Evidence for widespread changes in promoter methylation profile in human placenta in response to increasing gestational age and environmental/stochastic factors JO - BMC Genomics VL - 12 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2164-12-529 DO - 10.1186/1471-2164-12-529 ID - Novakovic2011 ER - TY - JOUR AU - Schroeder, J. W. AU - Conneely, K. N. AU - Cubells, J. C. AU - Kilaru, V. AU - Newport, D. J. AU - Knight, B. T. AU - Stowe, Z. N. AU - Brennan, P. A. AU - Krushkal, J. AU - Tylavsky, F. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Neonatal DNA methylation patterns associate with gestational age JO - Epigenetics VL - 6 UR - https://doi.org/10.4161/epi.6.12.18296 DO - 10.4161/epi.6.12.18296 ID - Schroeder2011 ER - TY - JOUR AU - Martino, D. AU - Maksimovic, J. AU - Joo, J. H. AU - Prescott, S. L. AU - Saffery, R. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome-scale profiling reveals a subset of genes regulated by DNA methylation that program somatic T-cell phenotypes in humans JO - Genes Immun VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/gene.2012.7 DO - 10.1038/gene.2012.7 ID - Martino2012 ER - TY - JOUR AU - Christensen, B. C. AU - Houseman, E. A. AU - Marsit, C. J. AU - Zheng, S. AU - Wrensch, M. R. AU - Wiemels, J. L. AU - Nelson, H. H. AU - Karagas, M. R. AU - Padbury, J. F. AU - Bueno, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Aging and environmental exposures alter tissue-specific DNA methylation dependent upon CpG island context JO - PLoS Genet VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1000602 DO - 10.1371/journal.pgen.1000602 ID - Christensen2009 ER - TY - JOUR AU - Heyn, H. AU - Li, N. AU - Ferreira, H. J. AU - Moran, S. AU - Pisano, D. G. AU - Gomez, A. AU - Diez, J. AU - Sanchez-Mut, J. V. AU - Setien, F. AU - Carmona, F. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Distinct DNA methylomes of newborns and centenarians JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1120658109 DO - 10.1073/pnas.1120658109 ID - Heyn2012 ER - TY - JOUR AU - Meissner, A. AU - Mikkelsen, T. S. AU - Gu, H. AU - Wernig, M. AU - Hanna, J. AU - Sivachenko, A. AU - Zhang, X. AU - Bernstein, B. E. AU - Nusbaum, C. AU - Jaffe, D. B. PY - 2008 DA - 2008// TI - Genome-scale DNA methylation maps of pluripotent and differentiated cells JO - Nature VL - 454 ID - Meissner2008 ER - TY - JOUR AU - Numata, S. AU - Ye, T. AU - Hyde, T. M. AU - Guitart-Navarro, X. AU - Tao, R. AU - Wininger, M. AU - Colantuoni, C. AU - Weinberger, D. R. AU - Kleinman, J. E. AU - Lipska, B. K. PY - 2012 DA - 2012// TI - DNA methylation signatures in development and aging of the human prefrontal cortex JO - Am J Hum Genet VL - 90 UR - https://doi.org/10.1016/j.ajhg.2011.12.020 DO - 10.1016/j.ajhg.2011.12.020 ID - Numata2012 ER - TY - JOUR AU - Rakyan, V. K. AU - Down, T. A. AU - Maslau, S. AU - Andrew, T. AU - Yang, T. P. AU - Beyan, H. AU - Whittaker, P. AU - McCann, O. T. AU - Finer, S. AU - Valdes, A. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Human aging-associated DNA hypermethylation occurs preferentially at bivalent chromatin domains JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.103101.109 DO - 10.1101/gr.103101.109 ID - Rakyan2010 ER - TY - JOUR AU - Ollikainen, M. AU - Smith, K. R. AU - Joo, E. J. AU - Ng, H. K. AU - Andronikos, R. AU - Novakovic, B. AU - Abdul Aziz, N. K. AU - Carlin, J. B. AU - Morley, R. AU - Saffery, R. AU - Craig, J. M. PY - 2010 DA - 2010// TI - DNA methylation analysis of multiple tissues from newborn twins reveals both genetic and intrauterine components to variation in the human neonatal epigenome JO - Hum Mol Genet VL - 19 UR - https://doi.org/10.1093/hmg/ddq336 DO - 10.1093/hmg/ddq336 ID - Ollikainen2010 ER - TY - JOUR AU - Bibikova, M. AU - Barnes, B. AU - Tsan, C. AU - Ho, V. AU - Klotzle, B. AU - Le, J. M. AU - Delano, D. AU - Zhang, L. AU - Schroth, G. P. AU - Gunderson, K. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - High density DNA methylation array with single CpG site resolution JO - Genomics VL - 98 UR - https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2011.07.007 DO - 10.1016/j.ygeno.2011.07.007 ID - Bibikova2011 ER - TY - JOUR AU - Sandoval, J. AU - Heyn, H. AU - Moran, S. AU - Serra-Musach, J. AU - Pujana, M. A. AU - Bibikova, M. AU - Esteller, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Validation of a DNA methylation microarray for 450,000 CpG sites in the human genome JO - Epigenetics VL - 6 UR - https://doi.org/10.4161/epi.6.6.16196 DO - 10.4161/epi.6.6.16196 ID - Sandoval2011 ER - TY - BOOK PY - 2009 DA - 2009// TI - R: A Language and Environment for Statistical Computing PB - R Foundation for Statistical Computing CY - Vienna, Austria ID - ref32 ER - TY - CHAP AU - Hansen, K. D. AU - Aryee, M. J. PY - 2012 DA - 2012// BT - minfi: Analyze Illumina's 450k methylation arrays ID - Hansen2012 ER - TY - JOUR AU - Maksimovic, J. AU - Gordon, L. AU - Oshlack, A. PY - 2012 DA - 2012// TI - SWAN: Subset quantile Within-Array Normalization for Illumina Infinium HumanMethylation450 BeadChips JO - Genome Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2012-13-6-r44 DO - 10.1186/gb-2012-13-6-r44 ID - Maksimovic2012 ER - TY - JOUR AU - Du, P. AU - Kibbe, W. A. AU - Lin, S. M. PY - 2008 DA - 2008// TI - lumi: a pipeline for processing Illumina microarray JO - Bioinformatics VL - 24 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btn224 DO - 10.1093/bioinformatics/btn224 ID - Du2008 ER - TY - JOUR AU - Du, P. AU - Zhang, X. AU - Huang, C. C. AU - Jafari, N. AU - Kibbe, W. A. AU - Hou, L. AU - Lin, S. M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Comparison of Beta-value and M-value methods for quantifying methylation levels by microarray analysis JO - BMC Bioinformatics VL - 11 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-11-587 DO - 10.1186/1471-2105-11-587 ID - Du2011 ER - TY - JOUR AU - Docherty, S. J. AU - Davis, O. S. AU - Haworth, C. M. AU - Plomin, R. AU - Mill, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - DNA methylation profiling using bisulfite-based epityping of pooled genomic DNA JO - Methods VL - 52 UR - https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2010.06.017 DO - 10.1016/j.ymeth.2010.06.017 ID - Docherty2010 ER - TY - CHAP AU - Smyth, G. K. ED - Gentleman, R. ED - Carey, V. ED - Dudoit, S. ED - Huber, W. ED - Irizarry, R. PY - 2005 DA - 2005// TI - Limma: linear models for microarray data BT - Bioinformatics and Computational Biology Solutions using R and Bioconductor PB - Springer CY - New York UR - https://doi.org/10.1007/0-387-29362-0_23 DO - 10.1007/0-387-29362-0_23 ID - Smyth2005 ER - TY - JOUR AU - Benjamini, Y. AU - Hochberg, Y. PY - 1995 DA - 1995// TI - Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing JO - J R Stat Soc VL - 57 ID - Benjamini1995 ER - TY - JOUR AU - Smyth, G. K. AU - Michaud, J. AU - Scott, H. S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Use of within-array replicate spots for assessing differential expression in microarray experiments JO - Bioinformatics VL - 21 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bti270 DO - 10.1093/bioinformatics/bti270 ID - Smyth2005 ER - TY - JOUR AU - da Huang, W. AU - Sherman, B. T. AU - Lempicki, R. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Systematic and integrative analysis of large gene lists using DAVID bioinformatics resources JO - Nat Protoc VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2008.211 DO - 10.1038/nprot.2008.211 ID - da Huang2009 ER - TY - JOUR AU - da Huang, W. AU - Sherman, B. T. AU - Lempicki, R. A. PY - 2009 DA - 2009// TI - Bioinformatics enrichment tools: paths toward the comprehensive functional analysis of large gene lists JO - Nucleic Acids Res VL - 37 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn923 DO - 10.1093/nar/gkn923 ID - da Huang2009 ER - TY - JOUR AU - Irizarry, R. A. AU - Ladd-Acosta, C. AU - Wen, B. AU - Wu, Z. AU - Montano, C. AU - Onyango, P. AU - Cui, H. AU - Gabo, K. AU - Rongione, M. AU - Webster, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - The human colon cancer methylome shows similar hypo- and hypermethylation at conserved tissue-specific CpG island shores JO - Nat Genet VL - 41 UR - https://doi.org/10.1038/ng.298 DO - 10.1038/ng.298 ID - Irizarry2009 ER - TY - JOUR AU - Doi, A. AU - Park, I. H. AU - Wen, B. AU - Murakami, P. AU - Aryee, M. J. AU - Irizarry, R. AU - Herb, B. AU - Ladd-Acosta, C. AU - Rho, J. AU - Loewer, S. PY - 2009 DA - 2009// TI - Differential methylation of tissue- and cancer-specific CpG island shores distinguishes human induced pluripotent stem cells, embryonic stem cells and fibroblasts JO - Nat Genet VL - 41 UR - https://doi.org/10.1038/ng.471 DO - 10.1038/ng.471 ID - Doi2009 ER - TY - STD TI - SEQUENOM Inc: SEQUENOM EpiDesigner beta. [http://www.epidesigner.com/], [] UR - http://www.epidesigner.com/ ID - ref45 ER - TY - JOUR AU - Thompson, R. F. AU - Suzuki, M. AU - Lau, K. W. AU - Greally, J. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - A pipeline for the quantitative analysis of CG dinucleotide methylation using mass spectrometry JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp382 DO - 10.1093/bioinformatics/btp382 ID - Thompson2009 ER - TY - JOUR AU - Pattyn, F. AU - Hoebeeck, J. AU - Robbrecht, P. AU - Michels, E. AU - De Paepe, A. AU - Bottu, G. AU - Coornaert, D. AU - Herzog, R. AU - Speleman, F. AU - Vandesompele, J. PY - 2006 DA - 2006// TI - methBLAST and methPrimerDB: web-tools for PCR based methylation analysis JO - BMC Bioinformatics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-7-496 DO - 10.1186/1471-2105-7-496 ID - Pattyn2006 ER - TY - JOUR AU - Joo, J. E. AU - Wong, E. M. AU - Baglietto, L. AU - Jung, C. H. AU - Tsimiklis, H. AU - Park, D. J. AU - Wong, N. C. AU - English, D. R. AU - Hopper, J. L. AU - Severi, G. PY - 2013 DA - 2013// TI - The use of DNA from archival dried blood spots with the Infinium HumanMethylation450 array JO - BMC Biotechnol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1472-6750-13-23 DO - 10.1186/1472-6750-13-23 ID - Joo2013 ER - TY - JOUR AU - Beyan, H. AU - Down, T. A. AU - Ramagopalan, S. V. AU - Uvebrant, K. AU - Nilsson, A. AU - Holland, M. L. AU - Gemma, C. AU - Giovannoni, G. AU - Boehm, B. O. AU - Ebers, G. C. PY - 2012 DA - 2012// TI - Guthrie card methylomics identifies temporally stable epialleles that are present at birth in humans JO - Genome Res VL - 22 UR - https://doi.org/10.1101/gr.134304.111 DO - 10.1101/gr.134304.111 ID - Beyan2012 ER - TY - JOUR AU - Hardin, J. AU - Finnell, R. H. AU - Wong, D. AU - Hogan, M. E. AU - Horovitz, J. AU - Shu, J. AU - Shaw, G. M. PY - 2009 DA - 2009// TI - Whole genome microarray analysis, from neonatal blood cards JO - BMC Genet VL - 10 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2156-10-38 DO - 10.1186/1471-2156-10-38 ID - Hardin2009 ER - TY - JOUR AU - Wong, N. AU - Morley, R. AU - Saffery, R. AU - Craig, J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Archived Guthrie blood spots as a novel source for quantitative DNA methylation analysis JO - Biotechniques VL - 45 UR - https://doi.org/10.2144/000112945 DO - 10.2144/000112945 ID - Wong2008 ER - TY - JOUR AU - Aberg, K. A. AU - Xie, L. Y. AU - Nerella, S. AU - Copeland, W. E. AU - Costello, E. J. AU - van den Oord, E. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - High quality methylome-wide investigations through next-generation sequencing of DNA from a single archived dry blood spot JO - Epigenetics VL - 8 UR - https://doi.org/10.4161/epi.24508 DO - 10.4161/epi.24508 ID - Aberg2013 ER - TY - JOUR AU - Chen, Y. A. AU - Lemire, M. AU - Choufani, S. AU - Butcher, D. T. AU - Grafodatskaya, D. AU - Zanke, B. W. AU - Gallinger, S. AU - Hudson, T. J. AU - Weksberg, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Discovery of cross-reactive probes and polymorphic CpGs in the Illumina Infinium HumanMethylation450 microarray JO - Epigenetics VL - 8 UR - https://doi.org/10.4161/epi.23470 DO - 10.4161/epi.23470 ID - Chen2013 ER - TY - JOUR AU - Koestler, D. C. AU - Christensen, B. C. AU - Marsit, C. J. AU - Kelsey, K. T. AU - Houseman, E. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Recursively partitioned mixture model clustering of DNA methylation data using biologically informed correlation structures JO - Stat Appl Genet Mol Biol VL - 12 ID - Koestler2013 ER - TY - JOUR AU - Yuan, L. AU - Janes, L. AU - Beeler, D. AU - Spokes, K. C. AU - Smith, J. AU - Li, D. AU - Jaminet, S. C. AU - Oettgen, P. AU - Aird, W. C. PY - 2013 DA - 2013// TI - Role of RNA splicing in mediating lineage-specific expression of the von Willebrand factor gene in the endothelium JO - Blood VL - 121 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2012-12-473785 DO - 10.1182/blood-2012-12-473785 ID - Yuan2013 ER - TY - JOUR AU - Rosenbloom, K. R. AU - Dreszer, T. R. AU - Long, J. C. AU - Malladi, V. S. AU - Sloan, C. A. AU - Raney, B. J. AU - Cline, M. S. AU - Karolchik, D. AU - Barber, G. P. AU - Clawson, H. PY - 2012 DA - 2012// TI - ENCODE whole-genome data in the UCSC Genome Browser: update 2012 JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkr1012 DO - 10.1093/nar/gkr1012 ID - Rosenbloom2012 ER - TY - JOUR AU - Chen, Y. A. AU - Choufani, S. AU - Ferreira, J. C. AU - Grafodatskaya, D. AU - Butcher, D. T. AU - Weksberg, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Sequence overlap between autosomal and sex-linked probes on the Illumina HumanMethylation27 microarray JO - Genomics VL - 97 UR - https://doi.org/10.1016/j.ygeno.2010.12.004 DO - 10.1016/j.ygeno.2010.12.004 ID - Chen2011 ER - TY - JOUR AU - Teschendorff, A. E. AU - Menon, U. AU - Gentry-Maharaj, A. AU - Ramus, S. J. AU - Weisenberger, D. J. AU - Shen, H. AU - Campan, M. AU - Noushmehr, H. AU - Bell, C. G. AU - Maxwell, A. P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Age-dependent DNA methylation of genes that are suppressed in stem cells is a hallmark of cancer JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.103606.109 DO - 10.1101/gr.103606.109 ID - Teschendorff2010 ER - TY - JOUR AU - Correa-Rocha, R. AU - Perez, A. AU - Lorente, R. AU - Ferrando-Martinez, S. AU - Leal, M. AU - Gurbindo, D. AU - Munoz-Fernandez, M. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Preterm neonates show marked leukopenia and lymphopenia that are associated with increased regulatory T-cell values and diminished IL-7 JO - Pediatr Res VL - 71 UR - https://doi.org/10.1038/pr.2012.6 DO - 10.1038/pr.2012.6 ID - Correa-Rocha2012 ER - TY - JOUR AU - Walker, J. C. AU - Smolders, M. A. AU - Gemen, E. F. AU - Antonius, T. A. AU - Leuvenink, J. AU - de Vries, E. PY - 2011 DA - 2011// TI - Development of lymphocyte subpopulations in preterm infants JO - Scand J Immunol VL - 73 UR - https://doi.org/10.1111/j.1365-3083.2010.02473.x DO - 10.1111/j.1365-3083.2010.02473.x ID - Walker2011 ER - TY - JOUR AU - Maconi, M. AU - Formisano, D. AU - Cavalca, L. AU - Rolfo, A. AU - Cardaropoli, S. AU - Danise, P. PY - 2010 DA - 2010// TI - Reticulocyte count and reticulocyte maturation profile in human umbilical cord blood from healthy newborns JO - Lab Hematol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1532/LH96.09012 DO - 10.1532/LH96.09012 ID - Maconi2010 ER - TY - JOUR AU - Adkins, B. AU - Leclerc, C. AU - Marshall-Clarke, S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Neonatal adaptive immunity comes of age JO - Nat Rev Immunol VL - 4 UR - https://doi.org/10.1038/nri1394 DO - 10.1038/nri1394 ID - Adkins2004 ER - TY - JOUR AU - Sharma, A. A. AU - Jen, R. AU - Butler, A. AU - Lavoie, P. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - The developing human preterm neonatal immune system: a case for more research in this area JO - Clin Immunol VL - 145 UR - https://doi.org/10.1016/j.clim.2012.08.006 DO - 10.1016/j.clim.2012.08.006 ID - Sharma2012 ER - TY - JOUR AU - Strunk, T. AU - Richmond, P. AU - Simmer, K. AU - Currie, A. AU - Levy, O. AU - Burgner, D. PY - 2007 DA - 2007// TI - Neonatal immune responses to coagulase-negative staphylococci JO - Curr Opin Infect Dis VL - 20 UR - https://doi.org/10.1097/QCO.0b013e3281a7ec98 DO - 10.1097/QCO.0b013e3281a7ec98 ID - Strunk2007 ER - TY - JOUR AU - Lam, L. L. AU - Emberly, E. AU - Fraser, H. B. AU - Neumann, S. M. AU - Chen, E. AU - Miller, G. E. AU - Kobor, M. S. PY - 2012 DA - 2012// TI - Factors underlying variable DNA methylation in a human community cohort JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 109 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1121249109 DO - 10.1073/pnas.1121249109 ID - Lam2012 ER - TY - JOUR AU - Koestler, D. C. AU - Christensen, B. AU - Karagas, M. R. AU - Marsit, C. J. AU - Langevin, S. M. AU - Kelsey, K. T. AU - Wiencke, J. K. AU - Houseman, E. A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Blood-based profiles of DNA methylation predict the underlying distribution of cell types: a validation analysis JO - Epigenetics VL - 8 UR - https://doi.org/10.4161/epi.25430 DO - 10.4161/epi.25430 ID - Koestler2013 ER - TY - JOUR AU - Kobayashi, K. S. AU - van den Elsen, P. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - NLRC5: a key regulator of MHC class I-dependent immune responses JO - Nat Rev Immunol VL - 12 UR - https://doi.org/10.1038/nri3339 DO - 10.1038/nri3339 ID - Kobayashi2012 ER - TY - JOUR AU - Neerincx, A. AU - Rodriguez, G. M. AU - Steimle, V. AU - Kufer, T. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - NLRC5 controls basal MHC class I gene expression in an MHC enhanceosome-dependent manner JO - J Immunol VL - 188 UR - https://doi.org/10.4049/jimmunol.1103136 DO - 10.4049/jimmunol.1103136 ID - Neerincx2012 ER - TY - JOUR AU - Meissner, T. B. AU - Li, A. AU - Biswas, A. AU - Lee, K. H. AU - Liu, Y. J. AU - Bayir, E. AU - Iliopoulos, D. AU - van den Elsen, P. J. AU - Kobayashi, K. S. PY - 2010 DA - 2010// TI - NLR family member NLRC5 is a transcriptional regulator of MHC class I genes JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1008684107 DO - 10.1073/pnas.1008684107 ID - Meissner2010 ER - TY - JOUR AU - Ni, Z. AU - Abou El Hassan, M. AU - Xu, Z. AU - Yu, T. AU - Bremner, R. PY - 2008 DA - 2008// TI - The chromatin-remodeling enzyme BRG1 coordinates CIITA induction through many interdependent distal enhancers JO - Nat Immunol VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/ni.1619 DO - 10.1038/ni.1619 ID - Ni2008 ER - TY - JOUR AU - Wright, K. L. AU - Ting, J. P. PY - 2006 DA - 2006// TI - Epigenetic regulation of MHC-II and CIITA genes JO - Trends Immunol VL - 27 UR - https://doi.org/10.1016/j.it.2006.07.007 DO - 10.1016/j.it.2006.07.007 ID - Wright2006 ER - TY - JOUR AU - Mehta, N. T. AU - Truax, A. D. AU - Boyd, N. H. AU - Greer, S. F. PY - 2011 DA - 2011// TI - Early epigenetic events regulate the adaptive immune response gene CIITA JO - Epigenetics VL - 6 UR - https://doi.org/10.4161/epi.6.4.14516 DO - 10.4161/epi.6.4.14516 ID - Mehta2011 ER - TY - JOUR AU - Horvath, S. AU - Zhang, Y. AU - Langfelder, P. AU - Kahn, R. S. AU - Boks, M. P. AU - van Eijk, K. AU - van den Berg, L. H. AU - Ophoff, R. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Aging effects on DNA methylation modules in human brain and blood tissue JO - Genome Biol VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2012-13-10-r97 DO - 10.1186/gb-2012-13-10-r97 ID - Horvath2012 ER - TY - JOUR AU - Yuen, R. K. AU - Neumann, S. M. AU - Fok, A. K. AU - Penaherrera, M. S. AU - McFadden, D. E. AU - Robinson, W. P. AU - Kobor, M. S. PY - 2011 DA - 2011// TI - Extensive epigenetic reprogramming in human somatic tissues between fetus and adult JO - Epigenetics Chromatin VL - 4 UR - https://doi.org/10.1186/1756-8935-4-7 DO - 10.1186/1756-8935-4-7 ID - Yuen2011 ER - TY - JOUR AU - Catlin, S. N. AU - Busque, L. AU - Gale, R. E. AU - Guttorp, P. AU - Abkowitz, J. L. PY - 2011 DA - 2011// TI - The replication rate of human hematopoietic stem cells in vivo JO - Blood VL - 117 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2010-08-303537 DO - 10.1182/blood-2010-08-303537 ID - Catlin2011 ER - TY - JOUR AU - Beerman, I. AU - Bhattacharya, D. AU - Zandi, S. AU - Sigvardsson, M. AU - Weissman, I. L. AU - Bryder, D. AU - Rossi, D. J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Functionally distinct hematopoietic stem cells modulate hematopoietic lineage potential during aging by a mechanism of clonal expansion JO - Proc Natl Acad Sci USA VL - 107 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.1000834107 DO - 10.1073/pnas.1000834107 ID - Beerman2010 ER - TY - JOUR AU - Cho, R. H. AU - Sieburg, H. B. AU - Muller-Sieburg, C. E. PY - 2008 DA - 2008// TI - A new mechanism for the aging of hematopoietic stem cells: aging changes the clonal composition of the stem cell compartment but not individual stem cells JO - Blood VL - 111 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2007-11-123547 DO - 10.1182/blood-2007-11-123547 ID - Cho2008 ER - TY - JOUR AU - Pucciarelli, S. AU - Moreschini, B. AU - Micozzi, D. AU - De Fronzo, G. S. AU - Carpi, F. M. AU - Polzonetti, V. AU - Vincenzetti, S. AU - Mignini, F. AU - Napolioni, V. PY - 2012 DA - 2012// TI - Spermidine and spermine are enriched in whole blood of nona/centenarians JO - Rejuvenation Res VL - 15 UR - https://doi.org/10.1089/rej.2012.1349 DO - 10.1089/rej.2012.1349 ID - Pucciarelli2012 ER - TY - JOUR AU - Somel, M. AU - Guo, S. AU - Fu, N. AU - Yan, Z. AU - Hu, H. Y. AU - Xu, Y. AU - Yuan, Y. AU - Ning, Z. AU - Hu, Y. AU - Menzel, C. PY - 2010 DA - 2010// TI - MicroRNA, mRNA, and protein expression link development and aging in human and macaque brain JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.106849.110 DO - 10.1101/gr.106849.110 ID - Somel2010 ER - TY - JOUR AU - Cuenca, A. G. AU - Wynn, J. L. AU - Moldawer, L. L. AU - Levy, O. PY - 2013 DA - 2013// TI - Role of innate immunity in neonatal infection JO - Am J Perinatol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1055/s-0032-1333412 DO - 10.1055/s-0032-1333412 ID - Cuenca2013 ER - TY - JOUR AU - Levy, O. PY - 2007 DA - 2007// TI - Innate immunity of the newborn: basic mechanisms and clinical correlates JO - Nat Rev Immunol VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/nri2075 DO - 10.1038/nri2075 ID - Levy2007 ER - TY - JOUR AU - Maegawa, S. AU - Hinkal, G. AU - Kim, H. S. AU - Shen, L. AU - Zhang, L. AU - Zhang, J. AU - Zhang, N. AU - Liang, S. AU - Donehower, L. A. AU - Issa, J. P. PY - 2011 DA - 2011// TI - Widespread and tissue specific age-related DNA methylation changes in mice JO - Genome Res VL - 20 UR - https://doi.org/10.1101/gr.096826.109 DO - 10.1101/gr.096826.109 ID - Maegawa2011 ER - TY - JOUR AU - Martino, D. AU - Loke, Y. J. AU - Gordon, L. AU - Ollikainen, M. AU - Cruickshank, M. N. AU - Saffery, R. AU - Craig, J. M. PY - 2013 DA - 2013// TI - Longitudinal, genome-scale analysis of DNA methylation in twins from birth to 18 months of age reveals rapid epigenetic change in early life and pair-specific effects of discordance JO - Genome Biol VL - 14 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2013-14-5-r42 DO - 10.1186/gb-2013-14-5-r42 ID - Martino2013 ER - TY - JOUR AU - Martino, D. J. AU - Tulic, M. K. AU - Gordon, L. AU - Hodder, M. AU - Richman, T. AU - Metcalfe, J. AU - Prescott, S. L. AU - Saffery, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - Evidence for age-related and individual-specific changes in DNA methylation profile of mononuclear cells during early immune development in humans JO - Epigenetics VL - 6 UR - https://doi.org/10.4161/epi.6.9.16401 DO - 10.4161/epi.6.9.16401 ID - Martino2011 ER - TY - JOUR AU - Pujadas, E. AU - Feinberg, A. P. PY - 2012 DA - 2012// TI - Regulated noise in the epigenetic landscape of development and disease JO - Cell VL - 148 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.02.045 DO - 10.1016/j.cell.2012.02.045 ID - Pujadas2012 ER - TY - JOUR AU - Chen, Z. AU - Liu, Q. AU - Nadarajah, S. PY - 2012 DA - 2012// TI - A new statistical approach to detecting differentially methylated loci for case control Illumina array methylation data JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts093 DO - 10.1093/bioinformatics/bts093 ID - Chen2012 ER - TY - JOUR AU - Houseman, E. A. AU - Accomando, W. P. AU - Koestler, D. C. AU - Christensen, B. C. AU - Marsit, C. J. AU - Nelson, H. H. AU - Wiencke, J. K. AU - Kelsey, K. T. PY - 2012 DA - 2012// TI - DNA methylation arrays as surrogate measures of cell mixture distribution JO - BMC Bioinformatics VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/1471-2105-13-86 DO - 10.1186/1471-2105-13-86 ID - Houseman2012 ER -