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Table 5 Gene Ontology classification of protein-coding genes by protein class

From: Epigenomic and metabolic responses of hypothalamic POMC neurons to gestational nicotine exposure in adult offspring

Category name (PANTHER protein class accession number)

Number of gene hits

Percent of gene hit against total number of genes

Percent of gene hit against total number of protein class hits

Calcium-binding protein (PC00060)

242

2.10 %

1.90 %

Cell adhesion molecule (PC00069)

310

2.70 %

2.50 %

Cell junction protein (PC00070)

104

0.90 %

0.80 %

Chaperone (PC00072)

168

1.50 %

1.30 %

Cytoskeletal protein (PC00085)

541

4.70 %

4.30 %

Defense/immunity protein (PC00090)

238

2.10 %

1.90 %

Enzyme modulator (PC00095)

981

8.50 %

7.90 %

Extracellular matrix protein (PC00102)

289

2.50 %

2.30 %

Hydrolase (PC00121)

1046

9.10 %

8.40 %

Isomerase (PC00135)

116

1.00 %

0.90 %

Kinase (PC00137)

400

3.50 %

3.20 %

Ligase (PC00142)

350

3.00 %

2.80 %

Lyase (PC00144)

131

1.10 %

1.00 %

Membrane traffic protein (PC00150)

316

2.70 %

2.50 %

Nucleic acid binding (PC00171)

1703

14.80 %

13.60 %

Oxidoreductase (PC00176)

404

3.50 %

3.20 %

Phosphatase (PC00181)

227

2.00 %

1.80 %

Protease (PC00190)

337

2.90 %

2.70 %

Receptor (PC00197)

872

7.60 %

7.00 %

Signaling molecule (PC00207)

506

4.40 %

4.10 %

Storage protein (PC00210)

9

0.10 %

0.10 %

Structural protein (PC00211)

75

0.70 %

0.60 %

Surfactant (PC00212)

28

0.20 %

0.20 %

Transcription factor (PC00218)

1110

9.60 %

8.90 %

Transfer/carrier protein (PC00219)

263

2.30 %

2.10 %

Transferase (PC00220)

943

8.20 %

7.60 %

Transmembrane receptor regulatory/adaptor protein (PC00226)

58

0.50 %

0.50 %

Transporter (PC00227)

715

6.20 %

5.70 %

Viral protein (PC00237)

3

0.00 %

0.00 %

Storage protein (PC00210)

9

0.10 %

0.10 %

Structural protein (PC00211)

75

0.70 %

0.60 %

Urfactant (PC00212)

28

0.20 %

0.20 %

Transcription factor (PC00218)

1110

9.60 %

8.90 %

Transfer/carrier protein (PC00219)

263

2.30 %

2.10 %

Transferase (PC00220)

943

8.20 %

7.60 %

Transmembrane receptor regulatory/adaptor protein (PC00226)

58

0.50 %

0.50 %

Transporter (PC00227)

715

6.20 %

5.70 %

Viral protein (PC00237)

3

0.00 %

0.00 %

Storage protein (PC00210)

9

0.10 %

0.10 %

Structural protein (PC00211)

75

0.70 %

0.60 %

Surfactant (PC00212)

28

0.20 %

0.20 %

Storage protein (PC00210)

9

0.10 %

0.10 %

Structural protein (PC00211)

75

0.70 %

0.60 %

Surfactant (PC00212)

28

0.20 %

0.20 %

Transcription factor (PC00218)

1110

9.60 %

8.90 %

Transfer/carrier protein (PC00219)

263

2.30 %

2.10 %

Transferase (PC00220)

943

8.20 %

7.60 %

Transmembrane receptor regulatory/adaptor protein (PC00226)

58

0.50 %

0.50 %

Transporter (PC00227)

715

6.20 %

5.70 %

Viral protein (PC00237)

3

0.00 %

0.00 %

  1. PANTHER classified 12,731 protein-coding genes with average expression values > 1 CPM by protein class. A total of 13,887 protein classes were hit