TY - JOUR AU - Ciriello, G. AU - Miller, M. L. AU - Aksoy, B. A. AU - Senbabaoglu, Y. AU - Schultz, N. AU - Sander, C. PY - 2013 DA - 2013// TI - Emerging landscape of oncogenic signatures across human cancers JO - Nat Genet VL - 45 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2762 DO - 10.1038/ng.2762 ID - Ciriello2013 ER - TY - JOUR AU - Hanahan, D. AU - Weinberg, R. A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Hallmarks of cancer: the next generation JO - Cell VL - 144 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2011.02.013 DO - 10.1016/j.cell.2011.02.013 ID - Hanahan2011 ER - TY - JOUR AU - Kallioniemi, A. AU - Kallioniemi, O. AU - Sudar, D. AU - Rutovitz, D. AU - Gray, J. AU - Waldman, F. PY - 1992 DA - 1992// TI - Comparative genomic hybridization for molecular cytogenetic analysis of solid tumors JO - Science VL - 258 UR - https://doi.org/10.1126/science.1359641 DO - 10.1126/science.1359641 ID - Kallioniemi1992 ER - TY - JOUR AU - Wang, Y. AU - Carlton, V. E. AU - Karlin-Neumann, G. AU - Sapolsky, R. AU - Zhang, L. AU - Moorhead, M. PY - 2009 DA - 2009// TI - High quality copy number and genotype data from FFPE samples using Molecular Inversion Probe (MIP) microarrays JO - BMC Med Genomics VL - 2 UR - https://doi.org/10.1186/1755-8794-2-8 DO - 10.1186/1755-8794-2-8 ID - Wang2009 ER - TY - JOUR AU - Wang, Y. AU - Moorhead, M. AU - Karlin-Neumann, G. AU - Wang, N. J. AU - Ireland, J. AU - Lin, S. PY - 2007 DA - 2007// TI - Analysis of molecular inversion probe performance for allele copy number determination JO - Genome Biol VL - 8 UR - https://doi.org/10.1186/gb-2007-8-11-r246 DO - 10.1186/gb-2007-8-11-r246 ID - Wang2007 ER - TY - JOUR AU - Wong, S. Q. AU - Waldeck, K. AU - Vergara, I. A. AU - Schroder, J. AU - Madore, J. AU - Wilmott, J. S. PY - 2015 DA - 2015// TI - UV-associated mutations underlie the etiology of MCV-negative Merkel cell carcinomas JO - Cancer Res VL - 75 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-15-1877 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-15-1877 ID - Wong2015 ER - TY - JOUR AU - Munchel, S. AU - Hoang, Y. AU - Zhao, Y. AU - Cottrell, J. AU - Klotzle, B. AU - Godwin, A. K. PY - 2015 DA - 2015// TI - Targeted or whole genome sequencing of formalin fixed tissue samples: potential applications in cancer genomics JO - Oncotarget VL - 6 UR - https://doi.org/10.18632/oncotarget.4671 DO - 10.18632/oncotarget.4671 ID - Munchel2015 ER - TY - JOUR AU - Scheinin, I. AU - Sie, D. AU - Bengtsson, H. AU - Wiel, M. A. AU - Olshen, A. B. AU - Thuijl, H. F. PY - 2014 DA - 2014// TI - DNA copy number analysis of fresh and formalin-fixed specimens by shallow whole-genome sequencing with identification and exclusion of problematic regions in the genome assembly JO - Genome Res VL - 24 UR - https://doi.org/10.1101/gr.175141.114 DO - 10.1101/gr.175141.114 ID - Scheinin2014 ER - TY - JOUR AU - Deleye, L. AU - Coninck, D. AU - Christodoulou, C. AU - Sante, T. AU - Dheedene, A. AU - Heindryckx, B. PY - 2015 DA - 2015// TI - Whole genome amplification with SurePlex results in better copy number alteration detection using sequencing data compared to the MALBAC method JO - Sci Rep VL - 5 UR - https://doi.org/10.1038/srep11711 DO - 10.1038/srep11711 ID - Deleye2015 ER - TY - JOUR AU - Pugh, T. J. AU - Delaney, A. D. AU - Farnoud, N. AU - Flibotte, S. AU - Griffith, M. AU - Li, H. I. PY - 2008 DA - 2008// TI - Impact of whole genome amplification on analysis of copy number variants JO - Nucleic Acids Res VL - 36 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkn378 DO - 10.1093/nar/gkn378 ID - Pugh2008 ER - TY - JOUR AU - Gorringe, K. L. AU - Hunter, S. M. AU - Pang, J. M. AU - Opeskin, K. AU - Hill, P. AU - Rowley, S. M. PY - 2015 DA - 2015// TI - Copy number analysis of ductal carcinoma in situ with and without recurrence JO - Mod Pathol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1038/modpathol.2015.75 DO - 10.1038/modpathol.2015.75 ID - Gorringe2015 ER - TY - JOUR AU - Beers, E. H. AU - Joosse, S. A. AU - Ligtenberg, M. J. AU - Fles, R. AU - Hogervorst, F. B. AU - Verhoef, S. PY - 2006 DA - 2006// TI - A multiplex PCR predictor for aCGH success of FFPE samples JO - Br J Cancer VL - 94 UR - https://doi.org/10.1038/sj.bjc.6602889 DO - 10.1038/sj.bjc.6602889 ID - Beers2006 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Durbin, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp324 DO - 10.1093/bioinformatics/btp324 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Martin, M. PY - 2011 DA - 2011// TI - Cutadapt removes adapter sequences from high-throughput sequencing reads JO - EMBnet J VL - 17 UR - https://doi.org/10.14806/ej.17.1.200 DO - 10.14806/ej.17.1.200 ID - Martin2011 ER - TY - JOUR AU - Boeva, V. AU - Popova, T. AU - Bleakley, K. AU - Chiche, P. AU - Cappo, J. AU - Schleiermacher, G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Control-FREEC: a tool for assessing copy number and allelic content using next-generation sequencing data JO - Bioinformatics VL - 28 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr670 DO - 10.1093/bioinformatics/btr670 ID - Boeva2012 ER - TY - JOUR AU - Li, H. AU - Handsaker, B. AU - Wysoker, A. AU - Fennell, T. AU - Ruan, J. AU - Homer, N. PY - 2009 DA - 2009// TI - The Sequence Alignment/Map format and SAMtools JO - Bioinformatics VL - 25 UR - https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp352 DO - 10.1093/bioinformatics/btp352 ID - Li2009 ER - TY - JOUR AU - Krijgsman, O. AU - Israeli, D. AU - Haan, J. C. AU - Essen, H. F. AU - Smeets, S. J. AU - Eijk, P. P. PY - 2012 DA - 2012// TI - CGH arrays compared for DNA isolated from formalin-fixed, paraffin-embedded material JO - Genes Chromosomes Cancer VL - 51 UR - https://doi.org/10.1002/gcc.21920 DO - 10.1002/gcc.21920 ID - Krijgsman2012 ER - TY - JOUR AU - Hostetter, G. AU - Kim, S. Y. AU - Savage, S. AU - Gooden, G. C. AU - Barrett, M. AU - Zhang, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Random DNA fragmentation allows detection of single-copy, single-exon alterations of copy number by oligonucleotide array CGH in clinical FFPE samples JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkp881 DO - 10.1093/nar/gkp881 ID - Hostetter2010 ER - TY - JOUR AU - Pinkel, D. AU - Albertson, D. G. PY - 2005 DA - 2005// TI - Array comparative genomic hybridization and its applications in cancer JO - Nat Genet VL - 37 UR - https://doi.org/10.1038/ng1569 DO - 10.1038/ng1569 ID - Pinkel2005 ER - TY - JOUR AU - Bolognesi, C. AU - Forcato, C. AU - Buson, G. AU - Fontana, F. AU - Mangano, C. AU - Doffini, A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Digital sorting of pure cell populations enables unambiguous genetic analysis of heterogeneous formalin-fixed paraffin-embedded tumors by next generation sequencing JO - Sci Rep VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/srep20944 DO - 10.1038/srep20944 ID - Bolognesi2016 ER - TY - JOUR AU - Ajay, S. S. AU - Parker, S. C. AU - Abaan, H. O. AU - Fajardo, K. V. AU - Margulies, E. H. PY - 2011 DA - 2011// TI - Accurate and comprehensive sequencing of personal genomes JO - Genome Res VL - 21 UR - https://doi.org/10.1101/gr.123638.111 DO - 10.1101/gr.123638.111 ID - Ajay2011 ER - TY - JOUR AU - Yost, S. E. AU - Smith, E. N. AU - Schwab, R. B. AU - Bao, L. AU - Jung, H. AU - Wang, X. PY - 2012 DA - 2012// TI - Identification of high-confidence somatic mutations in whole genome sequence of formalin-fixed breast cancer specimens JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks299 DO - 10.1093/nar/gks299 ID - Yost2012 ER - TY - JOUR AU - Talseth-Palmer, B. A. AU - Bowden, N. A. AU - Hill, A. AU - Meldrum, C. AU - Scott, R. J. PY - 2008 DA - 2008// TI - Whole genome amplification and its impact on CGH array profiles JO - BMC Res Notes VL - 1 UR - https://doi.org/10.1186/1756-0500-1-56 DO - 10.1186/1756-0500-1-56 ID - Talseth-Palmer2008 ER - TY - JOUR AU - Barker, D. L. AU - Hansen, M. S. AU - Faruqi, A. F. AU - Giannola, D. AU - Irsula, O. R. AU - Lasken, R. S. PY - 2004 DA - 2004// TI - Two methods of whole-genome amplification enable accurate genotyping across a 2320-SNP linkage panel JO - Genome Res VL - 14 UR - https://doi.org/10.1101/gr.1949704 DO - 10.1101/gr.1949704 ID - Barker2004 ER - TY - JOUR AU - Shain, A. H. AU - Yeh, I. AU - Kovalyshyn, I. AU - Sriharan, A. AU - Talevich, E. AU - Gagnon, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - The genetic evolution of melanoma from precursor lesions JO - N Engl J Med VL - 373 UR - https://doi.org/10.1056/NEJMoa1502583 DO - 10.1056/NEJMoa1502583 ID - Shain2015 ER -