TY - STD TI - CDC: Disease Burden of Influenza [https://www.cdc.gov/flu/about/disease/burden.htm]. UR - https://www.cdc.gov/flu/about/disease/burden.htm ID - ref1 ER - TY - JOUR AU - Zaas, A. K. AU - Chen, M. AU - Varkey, J. AU - Veldman, T. AU - Hero, A. O. AU - Lucas, J. AU - Huang, Y. AU - Turner, R. AU - Gilbert, A. AU - Lambkin-Williams, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Gene expression signatures diagnose influenza and other symptomatic respiratory viral infections in humans JO - Cell Host Microbe VL - 6 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2009.07.006 DO - 10.1016/j.chom.2009.07.006 ID - Zaas2009 ER - TY - JOUR AU - Woods, C. W. AU - McClain, M. T. AU - Chen, M. AU - Zaas, A. K. AU - Nicholson, B. P. AU - Varkey, J. AU - Veldman, T. AU - Kingsmore, S. F. AU - Huang, Y. AU - Lambkin-Williams, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - A host transcriptional signature for presymptomatic detection of infection in humans exposed to influenza H1N1 or H3N2 JO - PLoS One VL - 8 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0052198 DO - 10.1371/journal.pone.0052198 ID - Woods2013 ER - TY - JOUR AU - Muller, J. AU - Parizotto, E. AU - Antrobus, R. AU - Francis, J. AU - Bunce, C. AU - Stranks, A. AU - Nichols, M. AU - McClain, M. AU - Hill, A. V. S. AU - Ramasamy, A. PY - 2017 DA - 2017// TI - Development of an objective gene expression panel as an alternative to self-reported symptom scores in human influenza challenge trials JO - J Transl Med VL - 15 UR - https://doi.org/10.1186/s12967-017-1235-3 DO - 10.1186/s12967-017-1235-3 ID - Muller2017 ER - TY - JOUR AU - Davenport, E. E. AU - Antrobus, R. D. AU - Lillie, P. J. AU - Gilbert, S. AU - Knight, J. C. PY - 2015 DA - 2015// TI - Transcriptomic profiling facilitates classification of response to influenza challenge JO - J Mol (Berlin) VL - 93 UR - https://doi.org/10.1007/s00109-014-1212-8 DO - 10.1007/s00109-014-1212-8 ID - Davenport2015 ER - TY - JOUR AU - Liu, T. Y. AU - Burke, T. AU - Park, L. P. AU - Woods, C. W. AU - Zaas, A. K. AU - Ginsburg, G. S. AU - Hero, A. O. PY - 2016 DA - 2016// TI - An individualized predictor of health and disease using paired reference and target samples JO - BMC bioinformatics VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s12859-016-0889-9 DO - 10.1186/s12859-016-0889-9 ID - Liu2016 ER - TY - JOUR AU - Wilkinson, T. M. AU - Li, C. K. AU - Chui, C. S. AU - Huang, A. K. AU - Perkins, M. AU - Liebner, J. C. AU - Lambkin-Williams, R. AU - Gilbert, A. AU - Oxford, J. AU - Nicholas, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Preexisting influenza-specific CD4+ T cells correlate with disease protection against influenza challenge in humans JO - Nat Med VL - 18 UR - https://doi.org/10.1038/nm.2612 DO - 10.1038/nm.2612 ID - Wilkinson2012 ER - TY - JOUR AU - Sridhar, S. AU - Begom, S. AU - Bermingham, A. AU - Hoschler, K. AU - Adamson, W. AU - Carman, W. AU - Bean, T. AU - Barclay, W. AU - Deeks, J. J. AU - Lalvani, A. PY - 2013 DA - 2013// TI - Cellular immune correlates of protection against symptomatic pandemic influenza JO - Nat Med VL - 19 UR - https://doi.org/10.1038/nm.3350 DO - 10.1038/nm.3350 ID - Sridhar2013 ER - TY - JOUR AU - Shen-Orr, S. S. AU - Gaujoux, R. PY - 2013 DA - 2013// TI - Computational deconvolution: extracting cell type-specific information from heterogeneous samples JO - Curr Opin Immunol VL - 25 UR - https://doi.org/10.1016/j.coi.2013.09.015 DO - 10.1016/j.coi.2013.09.015 ID - Shen-Orr2013 ER - TY - JOUR AU - Inkeles, M. S. AU - Teles, R. M. AU - Pouldar, D. AU - Andrade, P. R. AU - Madigan, C. A. AU - Lopez, D. AU - Ambrose, M. AU - Noursadeghi, M. AU - Sarno, E. N. AU - Rea, T. H. PY - 2016 DA - 2016// TI - Cell-type deconvolution with immune pathways identifies gene networks of host defense and immunopathology in leprosy JO - JCI insight VL - 1 UR - https://doi.org/10.1172/jci.insight.88843 DO - 10.1172/jci.insight.88843 ID - Inkeles2016 ER - TY - JOUR AU - Gentles, A. J. AU - Newman, A. M. AU - Liu, C. L. AU - Bratman, S. V. AU - Feng, W. AU - Kim, D. AU - Nair, V. S. AU - Xu, Y. AU - Khuong, A. AU - Hoang, C. D. PY - 2015 DA - 2015// TI - The prognostic landscape of genes and infiltrating immune cells across human cancers JO - Nat Med VL - 21 UR - https://doi.org/10.1038/nm.3909 DO - 10.1038/nm.3909 ID - Gentles2015 ER - TY - CHAP AU - Vallania, F. AU - Tam, A. AU - Lofgren, S. AU - Schaffert, S. AU - Azad, T. D. AU - Bongen, E. AU - Alsup, M. AU - Alonso, M. AU - Davis, M. AU - Engleman, E. PY - 2017 DA - 2017// TI - Leveraging heterogeneity across multiple data sets increases accuracy of cell-mixture deconvolution and reduces biological and technical biases BT - bioRxiv ID - Vallania2017 ER - TY - JOUR AU - Andres-Terre, M. AU - McGuire Helen, M. AU - Pouliot, Y. AU - Bongen, E. AU - Sweeney Timothy, E. AU - Tato Cristina, M. AU - Khatri, P. PY - 2015 DA - 2015// TI - Integrated, multi-cohort analysis identifies conserved transcriptional signatures across multiple respiratory viruses JO - Immunity VL - 43 UR - https://doi.org/10.1016/j.immuni.2015.11.003 DO - 10.1016/j.immuni.2015.11.003 ID - Andres-Terre2015 ER - TY - JOUR AU - Edgar, R. AU - Domrachev, M. AU - Lash, A. E. PY - 2002 DA - 2002// TI - Gene Expression Omnibus: NCBI gene expression and hybridization array data repository JO - Nucleic Acids Res VL - 30 UR - https://doi.org/10.1093/nar/30.1.207 DO - 10.1093/nar/30.1.207 ID - Edgar2002 ER - TY - JOUR AU - Haynes, W. A. AU - Vallania, F. AU - Liu, C. AU - Bongen, E. AU - Tomczak, A. AU - Andres-Terre, M. AU - Lofgren, S. AU - Tam, A. AU - Deisseroth, C. A. AU - Li, M. D. PY - 2017 DA - 2017// TI - Empowering multi-cohort gene expression analysis to increase reproducibility JO - Pac Symp Biocomput VL - 22 ID - Haynes2017 ER - TY - JOUR AU - Lofgren, S. AU - Hinchcliff, M. AU - Carns, M. AU - Wood, T. AU - Aren, K. AU - Arroyo, E. AU - Cheung, P. AU - Kuo, A. AU - Valenzuela, A. AU - Haemel, A. PY - 2016 DA - 2016// TI - Integrated, multicohort analysis of systemic sclerosis identifies robust transcriptional signature of disease severity JO - JCI insight VL - 1 UR - https://doi.org/10.1172/jci.insight.89073 DO - 10.1172/jci.insight.89073 ID - Lofgren2016 ER - TY - JOUR AU - Sweeney, T. E. AU - Haynes, W. A. AU - Vallania, F. AU - Ioannidis, J. P. AU - Khatri, P. PY - 2017 DA - 2017// TI - Methods to increase reproducibility in differential gene expression via meta-analysis JO - Nucleic Acids Res VL - 45 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkw797 DO - 10.1093/nar/gkw797 ID - Sweeney2017 ER - TY - JOUR AU - Benjamini, Y. AU - Hochberg, Y. PY - 1995 DA - 1995// TI - Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing JO - J R Statist Soc VL - B57 ID - Benjamini1995 ER - TY - JOUR AU - Martinet, L. AU - Smyth, M. J. PY - 2015 DA - 2015// TI - Balancing natural killer cell activation through paired receptors JO - Nat Rev Immunol VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/nri3799 DO - 10.1038/nri3799 ID - Martinet2015 ER - TY - JOUR AU - Kumar, D. AU - Hosse, J. AU - von Toerne, C. AU - Noessner, E. AU - Nelson, P. J. PY - 2009 DA - 2009// TI - JNK MAPK pathway regulates constitutive transcription of CCL5 by human NK cells through SP1 JO - J Immunol VL - 182 UR - https://doi.org/10.4049/jimmunol.182.2.1011 DO - 10.4049/jimmunol.182.2.1011 ID - Kumar2009 ER - TY - JOUR AU - Lam, V. C. AU - Lanier, L. L. PY - 2017 DA - 2017// TI - NK cells in host responses to viral infections JO - Curr Opin Immunol VL - 44 UR - https://doi.org/10.1016/j.coi.2016.11.003 DO - 10.1016/j.coi.2016.11.003 ID - Lam2017 ER - TY - JOUR AU - Proud, D. AU - Turner, R. B. AU - Winther, B. AU - Wiehler, S. AU - Tiesman, J. P. AU - Reichling, T. D. AU - Juhlin, K. D. AU - Fulmer, A. W. AU - Ho, B. Y. AU - Walanski, A. A. PY - 2008 DA - 2008// TI - Gene expression profiles during in vivo human rhinovirus infection: insights into the host response JO - Am J Respir Crit Care Med VL - 178 UR - https://doi.org/10.1164/rccm.200805-670OC DO - 10.1164/rccm.200805-670OC ID - Proud2008 ER - TY - JOUR AU - Do, L. A. H. AU - Pellet, J. AU - van Doorn, H. R. AU - Tran, A. T. AU - Nguyen, B. H. AU - Tran, T. T. L. AU - Tran, Q. H. AU - Vo, Q. B. AU - Tran Dac, N. A. AU - Trinh, H. N. PY - 2017 DA - 2017// TI - Host transcription profile in nasal epithelium and whole blood of hospitalized children under 2 years of age with respiratory syncytial virus infection JO - J Infect Dis VL - 217 UR - https://doi.org/10.1093/infdis/jix519 DO - 10.1093/infdis/jix519 ID - Do2017 ER - TY - JOUR AU - Zhai, Y. AU - Franco, L. M. AU - Atmar, R. L. AU - Quarles, J. M. AU - Arden, N. AU - Bucasas, K. L. AU - Wells, J. M. AU - Nino, D. AU - Wang, X. AU - Zapata, G. E. PY - 2015 DA - 2015// TI - Host transcriptional response to influenza and other acute respiratory viral infections—a prospective cohort study JO - PLoS Pathog VL - 11 UR - https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1004869 DO - 10.1371/journal.ppat.1004869 ID - Zhai2015 ER - TY - JOUR AU - Lieto, L. D. AU - Maasho, K. AU - West, D. AU - Borrego, F. AU - Coligan, J. E. PY - 2006 DA - 2006// TI - The human CD94 gene encodes multiple, expressible transcripts including a new partner of NKG2A/B JO - Genes Immun VL - 7 UR - https://doi.org/10.1038/sj.gene.6364268 DO - 10.1038/sj.gene.6364268 ID - Lieto2006 ER - TY - JOUR AU - Orbelyan, G. A. AU - Tang, F. AU - Sally, B. AU - Solus, J. AU - Meresse, B. AU - Ciszewski, C. AU - Grenier, J. C. AU - Barreiro, L. B. AU - Lanier, L. L. AU - Jabri, B. PY - 2014 DA - 2014// TI - Human NKG2E is expressed and forms an intracytoplasmic complex with CD94 and DAP12 JO - J Immunol VL - 193 UR - https://doi.org/10.4049/jimmunol.1400556 DO - 10.4049/jimmunol.1400556 ID - Orbelyan2014 ER - TY - JOUR AU - Dukovska, D. AU - Fernandez-Soto, D. AU - Vales-Gomez, M. AU - Reyburn, H. T. PY - 2018 DA - 2018// TI - NKG2H-expressing T cells negatively regulate immune responses JO - Front Immunol VL - 9 UR - https://doi.org/10.3389/fimmu.2018.00390 DO - 10.3389/fimmu.2018.00390 ID - Dukovska2018 ER - TY - JOUR AU - Fang, M. AU - Orr, M. T. AU - Spee, P. AU - Egebjerg, T. AU - Lanier, L. L. AU - Sigal, L. J. PY - 2011 DA - 2011// TI - CD94 is essential for NK cell-mediated resistance to a lethal viral disease JO - Immunity VL - 34 UR - https://doi.org/10.1016/j.immuni.2011.02.015 DO - 10.1016/j.immuni.2011.02.015 ID - Fang2011 ER - TY - JOUR AU - Shin, D. L. AU - Pandey, A. K. AU - Ziebarth, J. D. AU - Mulligan, M. K. AU - Williams, R. W. AU - Geffers, R. AU - Hatesuer, B. AU - Schughart, K. AU - Wilk, E. PY - 2014 DA - 2014// TI - Segregation of a spontaneous Klrd1 (CD94) mutation in DBA/2 mouse substrains JO - G3 (Bethesda) VL - 5 UR - https://doi.org/10.1534/g3.114.015164 DO - 10.1534/g3.114.015164 ID - Shin2014 ER - TY - JOUR AU - Orr, M. T. AU - Wu, J. AU - Fang, M. AU - Sigal, L. J. AU - Spee, P. AU - Egebjerg, T. AU - Dissen, E. AU - Fossum, S. AU - Phillips, J. H. AU - Lanier, L. L. PY - 2010 DA - 2010// TI - Development and function of CD94-deficient natural killer cells JO - PLoS One VL - 5 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0015184 DO - 10.1371/journal.pone.0015184 ID - Orr2010 ER - TY - JOUR AU - Abdul-Careem, M. F. AU - Mian, M. F. AU - Yue, G. AU - Gillgrass, A. AU - Chenoweth, M. J. AU - Barra, N. G. AU - Chew, M. V. AU - Chan, T. AU - Al-Garawi, A. A. AU - Jordana, M. PY - 2012 DA - 2012// TI - Critical role of natural killer cells in lung immunopathology during influenza infection in mice JO - J Infect Dis VL - 206 UR - https://doi.org/10.1093/infdis/jis340 DO - 10.1093/infdis/jis340 ID - Abdul-Careem2012 ER - TY - JOUR AU - Ge, M. Q. AU - Ho, A. W. AU - Tang, Y. AU - Wong, K. H. AU - Chua, B. Y. AU - Gasser, S. AU - Kemeny, D. M. PY - 2012 DA - 2012// TI - NK cells regulate CD8+ T cell priming and dendritic cell migration during influenza A infection by IFN-gamma and perforin-dependent mechanisms JO - J Immunol VL - 189 UR - https://doi.org/10.4049/jimmunol.1103474 DO - 10.4049/jimmunol.1103474 ID - Ge2012 ER - TY - JOUR AU - Mazo, I. B. AU - Massberg, S. AU - von Andrian, U. H. PY - 2011 DA - 2011// TI - Hematopoietic stem and progenitor cell trafficking JO - Trends Immunol VL - 32 UR - https://doi.org/10.1016/j.it.2011.06.011 DO - 10.1016/j.it.2011.06.011 ID - Mazo2011 ER - TY - JOUR AU - Massberg, S. AU - Schaerli, P. AU - Knezevic-Maramica, I. AU - Kollnberger, M. AU - Tubo, N. AU - Moseman, E. A. AU - Huff, I. V. AU - Junt, T. AU - Wagers, A. J. AU - Mazo, I. B. PY - 2007 DA - 2007// TI - Immunosurveillance by hematopoietic progenitor cells trafficking through blood, lymph, and peripheral tissues JO - Cell VL - 131 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2007.09.047 DO - 10.1016/j.cell.2007.09.047 ID - Massberg2007 ER - TY - JOUR AU - Nagai, Y. AU - Garrett, K. P. AU - Ohta, S. AU - Bahrun, U. AU - Kouro, T. AU - Akira, S. AU - Takatsu, K. AU - Kincade, P. W. PY - 2006 DA - 2006// TI - Toll-like receptors on hematopoietic progenitor cells stimulate innate immune system replenishment JO - Immunity VL - 24 UR - https://doi.org/10.1016/j.immuni.2006.04.008 DO - 10.1016/j.immuni.2006.04.008 ID - Nagai2006 ER - TY - JOUR AU - Takizawa, H. AU - Boettcher, S. AU - Manz, M. G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Demand-adapted regulation of early hematopoiesis in infection and inflammation JO - Blood VL - 119 UR - https://doi.org/10.1182/blood-2011-12-380113 DO - 10.1182/blood-2011-12-380113 ID - Takizawa2012 ER - TY - JOUR AU - Lillie, P. J. AU - Berthoud, T. K. AU - Powell, T. J. AU - Lambe, T. AU - Mullarkey, C. AU - Spencer, A. J. AU - Hamill, M. AU - Peng, Y. AU - Blais, M. E. AU - Duncan, C. J. PY - 2012 DA - 2012// TI - Preliminary assessment of the efficacy of a T-cell-based influenza vaccine, MVA-NP+M1, in humans JO - Clin Infect Dis VL - 55 UR - https://doi.org/10.1093/cid/cis327 DO - 10.1093/cid/cis327 ID - Lillie2012 ER - TY - JOUR AU - Valentine, J. C. AU - Pigott, T. D. AU - Rothstein, H. R. PY - 2010 DA - 2010// TI - How many studies do you need?:a primer on statistical power for meta-analysis JO - J Educ Behav Stat VL - 35 UR - https://doi.org/10.3102/1076998609346961 DO - 10.3102/1076998609346961 ID - Valentine2010 ER - TY - JOUR AU - Dou, Y. AU - Fu, B. AU - Sun, R. AU - Li, W. AU - Hu, W. AU - Tian, Z. AU - Wei, H. PY - 2015 DA - 2015// TI - Influenza vaccine induces intracellular immune memory of human NK cells JO - PLoS One VL - 10 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0121258 DO - 10.1371/journal.pone.0121258 ID - Dou2015 ER - TY - JOUR AU - Hoang, L. T. AU - Tolfvenstam, T. AU - Ooi, E. E. AU - Khor, C. C. AU - Naim, A. N. AU - Ho, E. X. AU - Ong, S. H. AU - Wertheim, H. F. AU - Fox, A. AU - Van Vinh Nguyen, C. PY - 2014 DA - 2014// TI - Patient-based transcriptome-wide analysis identify interferon and ubiquination pathways as potential predictors of influenza A disease severity JO - PLoS One VL - 9 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pone.0111640 DO - 10.1371/journal.pone.0111640 ID - Hoang2014 ER - TY - JOUR AU - Sun, P. AU - Garcia, J. AU - Comach, G. AU - Vahey, M. T. AU - Wang, Z. AU - Forshey, B. M. AU - Morrison, A. C. AU - Sierra, G. AU - Bazan, I. AU - Rocha, C. PY - 2013 DA - 2013// TI - Sequential waves of gene expression in patients with clinically defined dengue illnesses reveal subtle disease phases and predict disease severity JO - PLoS Negl Trop Dis VL - 7 UR - https://doi.org/10.1371/journal.pntd.0002298 DO - 10.1371/journal.pntd.0002298 ID - Sun2013 ER - TY - JOUR AU - Kwissa, M. AU - Nakaya, H. I. AU - Onlamoon, N. AU - Wrammert, J. AU - Villinger, F. AU - Perng, G. C. AU - Yoksan, S. AU - Pattanapanyasat, K. AU - Chokephaibulkit, K. AU - Ahmed, R. PY - 2014 DA - 2014// TI - Dengue virus infection induces expansion of a CD14(+)CD16(+) monocyte population that stimulates plasmablast differentiation JO - Cell Host Microbe VL - 16 UR - https://doi.org/10.1016/j.chom.2014.06.001 DO - 10.1016/j.chom.2014.06.001 ID - Kwissa2014 ER - TY - JOUR AU - Heinonen, S. AU - Jartti, T. AU - Garcia, C. AU - Oliva, S. AU - Smitherman, C. AU - Anguiano, E. AU - de Steenhuijsen Piters, W. A. AU - Vuorinen, T. AU - Ruuskanen, O. AU - Dimo, B. PY - 2016 DA - 2016// TI - Rhinovirus detection in symptomatic and asymptomatic children: value of host transcriptome analysis JO - Am J Respir Crit Care Med VL - 193 UR - https://doi.org/10.1164/rccm.201504-0749OC DO - 10.1164/rccm.201504-0749OC ID - Heinonen2016 ER -