TY - JOUR AU - Lieberman-Aiden, E. AU - Berkum, N. L. AU - Williams, L. AU - Imakaev, M. AU - Ragoczy, T. AU - Telling, A. AU - Amit, I. AU - Lajoie, B. R. AU - Sabo, P. J. AU - Dorschner, M. O. PY - 2009 DA - 2009// TI - Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome JO - Science. VL - 326 UR - https://doi.org/10.1126/science.1181369 DO - 10.1126/science.1181369 ID - Lieberman-Aiden2009 ER - TY - JOUR AU - Dixon, J. R. AU - Selvaraj, S. AU - Yue, F. AU - Kim, A. AU - Li, Y. AU - Shen, Y. AU - Hu, M. AU - Liu, J. S. AU - Ren, B. PY - 2012 DA - 2012// TI - Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions JO - Nature. VL - 485 UR - https://doi.org/10.1038/nature11082 DO - 10.1038/nature11082 ID - Dixon2012 ER - TY - JOUR AU - Kalhor, R. AU - Tjong, H. AU - Jayathilaka, N. AU - Alber, F. AU - Chen, L. PY - 2012 DA - 2012// TI - Genome architectures revealed by tethered chromosome conformation capture and population-based modeling JO - Nat Biotechnol VL - 30 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.2057 DO - 10.1038/nbt.2057 ID - Kalhor2012 ER - TY - JOUR AU - Jin, F. AU - Li, Y. AU - Dixon, J. R. AU - Selvaraj, S. AU - Ye, Z. AU - Lee, A. Y. AU - Yen, C. -. A. AU - Schmitt, A. D. AU - Espinoza, C. A. AU - Ren, B. PY - 2013 DA - 2013// TI - A high-resolution map of the three-dimensional chromatin interactome in human cells JO - Nature. VL - 503 UR - https://doi.org/10.1038/nature12644 DO - 10.1038/nature12644 ID - Jin2013 ER - TY - JOUR AU - Rao, S. S. P. AU - Huntley, M. H. H. AU - Durand, N. C. C. AU - Stamenova, E. K. K. AU - Bochkov, I. D. D. AU - Robinson, J. T. T. AU - Sanborn, A. L. L. AU - Machol, I. AU - Omer, A. D. D. AU - Lander, E. S. S. PY - 2014 DA - 2014// TI - A 3D map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping JO - Cell. VL - 159 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.11.021 DO - 10.1016/j.cell.2014.11.021 ID - Rao2014 ER - TY - JOUR AU - Fullwood, M. J. AU - Liu, M. H. AU - Pan, Y. F. AU - Liu, J. AU - Xu, H. AU - Bin, M. Y. AU - Orlov, Y. L. AU - Velkov, S. AU - Ho, A. AU - Mei, P. H. PY - 2009 DA - 2009// TI - An oestrogen-receptor-alpha-bound human chromatin interactome JO - Nature VL - 462 UR - https://doi.org/10.1038/nature08497 DO - 10.1038/nature08497 ID - Fullwood2009 ER - TY - JOUR AU - Handoko, L. AU - Xu, H. AU - Li, G. AU - Ngan, C. Y. AU - Chew, E. AU - Schnapp, M. AU - Lee, C. W. H. AU - Ye, C. AU - Ping, J. L. H. AU - Mulawadi, F. PY - 2011 DA - 2011// TI - CTCF-mediated functional chromatin interactome in pluripotent cells JO - Nat Genet VL - 43 UR - https://doi.org/10.1038/ng.857 DO - 10.1038/ng.857 ID - Handoko2011 ER - TY - JOUR AU - Sahlén, P. AU - Abdullayev, I. AU - Ramsköld, D. AU - Matskova, L. AU - Rilakovic, N. AU - Lötstedt, B. AU - Albert, T. J. AU - Lundeberg, J. AU - Sandberg, R. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genome-wide mapping of promoter-anchored interactions with close to single-enhancer resolution JO - Genome Biol VL - 16 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-015-0727-9 DO - 10.1186/s13059-015-0727-9 ID - Sahlén2015 ER - TY - JOUR AU - Hughes, J. R. AU - Roberts, N. AU - McGowan, S. AU - Hay, D. AU - Giannoulatou, E. AU - Lynch, M. AU - Gobbi, M. AU - Taylor, S. AU - Gibbons, R. AU - Higgs, D. R. PY - 2014 DA - 2014// TI - Analysis of hundreds of cis-regulatory landscapes at high resolution in a single, high-throughput experiment JO - Nat Genet VL - 46 UR - https://doi.org/10.1038/ng.2871 DO - 10.1038/ng.2871 ID - Hughes2014 ER - TY - JOUR AU - Davies, J. O. AU - Telenius, J. M. AU - McGowan, S. J. AU - Roberts, N. A. AU - Taylor, S. AU - Higgs, D. R. AU - Hughes, J. R. PY - 2015 DA - 2015// TI - Multiplexed analysis of chromosome conformation at vastly improved sensitivity JO - Nat Methods VL - 13 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.3664 DO - 10.1038/nmeth.3664 ID - Davies2015 ER - TY - JOUR AU - Hsu, P. Y. AU - Hsu, H. K. AU - Lan, X. AU - Juan, L. AU - Yan, P. AU - Labanowska, J. AU - Heerema, N. AU - Hsiao, T. H. AU - Chiu, Y. C. AU - Chen, Y. PY - 2013 DA - 2013// TI - Amplification of distant estrogen response elements deregulates target genes associated with tamoxifen resistance in breast cancer JO - Cancer Cell VL - 24 UR - https://doi.org/10.1016/j.ccr.2013.07.007 DO - 10.1016/j.ccr.2013.07.007 ID - Hsu2013 ER - TY - JOUR AU - Sexton, T. AU - Yaffe, E. AU - Kenigsberg, E. AU - Bantignies, F. AU - Leblanc, B. AU - Hoichman, M. AU - Parrinello, H. AU - Tanay, A. AU - Cavalli, G. PY - 2012 DA - 2012// TI - Three-dimensional folding and functional organization principles of the Drosophila genome JO - Cell. VL - 148 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2012.01.010 DO - 10.1016/j.cell.2012.01.010 ID - Sexton2012 ER - TY - JOUR AU - Ay, F. AU - Bailey, T. L. AU - Noble, W. S. PY - 2014 DA - 2014// TI - Statistical confidence estimation for Hi-C data reveals regulatory chromatin contacts JO - Genome Res VL - 24 UR - https://doi.org/10.1101/gr.160374.113 DO - 10.1101/gr.160374.113 ID - Ay2014 ER - TY - JOUR PY - 2012 DA - 2012// TI - An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome JO - Nature. VL - 489 UR - https://doi.org/10.1038/nature11247 DO - 10.1038/nature11247 ID - ref14 ER - TY - JOUR AU - Yaffe, E. AU - Tanay, A. PY - 2011 DA - 2011// TI - Probabilistic modeling of Hi-C contact maps eliminates systematic biases to characterize global chromosomal architecture JO - Nat Genet VL - 43 UR - https://doi.org/10.1038/ng.947 DO - 10.1038/ng.947 ID - Yaffe2011 ER - TY - JOUR AU - Imakaev, M. AU - Fudenberg, G. AU - McCord, R. P. AU - Naumova, N. AU - Goloborodko, A. AU - Lajoie, B. R. AU - Dekker, J. AU - Mirny, L. A. PY - 2012 DA - 2012// TI - Iterative correction of Hi-C data reveals hallmarks of chromosome organization JO - Nat Methods VL - 9 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.2148 DO - 10.1038/nmeth.2148 ID - Imakaev2012 ER - TY - JOUR AU - Dekker, J. AU - Rippe, K. AU - Dekker, M. AU - Kleckner, N. PY - 2002 DA - 2002// TI - Capturing chromosome conformation JO - Science. VL - 295 UR - https://doi.org/10.1126/science.1067799 DO - 10.1126/science.1067799 ID - Dekker2002 ER - TY - JOUR AU - Göndör, A. AU - Ohlsson, R. PY - 2009 DA - 2009// TI - Chromosome crosstalk in three dimensions JO - Nature. VL - 461 UR - https://doi.org/10.1038/nature08453 DO - 10.1038/nature08453 ID - Göndör2009 ER - TY - JOUR AU - Steensel, B. AU - Dekker, J. PY - 2010 DA - 2010// TI - Genomics tools for unraveling chromosome architecture JO - Nat Biotechnol VL - 28 UR - https://doi.org/10.1038/nbt.1680 DO - 10.1038/nbt.1680 ID - Steensel2010 ER - TY - JOUR AU - Conaway, R. C. AU - Conaway, J. W. PY - 2011 DA - 2011// TI - Function and regulation of the mediator complex JO - Curr Opin Genet Dev VL - 21 UR - https://doi.org/10.1016/j.gde.2011.01.013 DO - 10.1016/j.gde.2011.01.013 ID - Conaway2011 ER - TY - JOUR AU - Cavalli, G. AU - Misteli, T. PY - 2013 DA - 2013// TI - Functional implications of genome topology JO - Nat Struct Mol Biol VL - 20 UR - https://doi.org/10.1038/nsmb.2474 DO - 10.1038/nsmb.2474 ID - Cavalli2013 ER - TY - JOUR AU - Laat, W. AU - Duboule, D. PY - 2013 DA - 2013// TI - Topology of mammalian developmental enhancers and their regulatory landscapes JO - Nature. VL - 502 UR - https://doi.org/10.1038/nature12753 DO - 10.1038/nature12753 ID - Laat2013 ER - TY - STD TI - De Wit E, Bouwman B A M, Zhu Y, Klous P, Splinter E, Verstegen MJ a M, Krijger PHL, Festuccia N, Nora EP, Welling M, et al. The pluripotent genome in three dimensions is shaped around pluripotency factors Nature 2013;501:227–231. ID - ref23 ER - TY - JOUR AU - Deng, W. AU - Rupon, J. W. AU - Krivega, I. AU - Breda, L. AU - Motta, I. AU - Jahn, K. S. AU - Reik, A. AU - Gregory, P. D. AU - Rivella, S. AU - Dean, A. PY - 2014 DA - 2014// TI - Reactivation of developmentally silenced globin genes by forced chromatin looping JO - Cell. VL - 158 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.05.050 DO - 10.1016/j.cell.2014.05.050 ID - Deng2014 ER - TY - JOUR AU - Libbrecht, M. W. AU - Ay, F. AU - Hoffman, M. M. AU - Gilbert, D. M. AU - Bilmes, J. A. AU - Noble, W. S. PY - 2015 DA - 2015// TI - Joint annotation of chromatin state and chromatin conformation reveals relationships among domain types and identifies domains of cell type-specific expression JO - Genome Res VL - 25 UR - https://doi.org/10.1101/gr.184341.114 DO - 10.1101/gr.184341.114 ID - Libbrecht2015 ER - TY - JOUR AU - Dowen, J. M. AU - Fan, Z. P. AU - Hnisz, D. AU - Ren, G. AU - Abraham, B. J. AU - Zhang, L. N. AU - Weintraub, A. S. AU - Schuijers, J. AU - Lee, T. I. AU - Zhao, K. PY - 2014 DA - 2014// TI - Control of cell identity genes occurs in insulated neighborhoods in mammalian chromosomes JO - Cell. VL - 159 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2014.09.030 DO - 10.1016/j.cell.2014.09.030 ID - Dowen2014 ER - TY - JOUR AU - Lan, X. AU - Witt, H. AU - Katsumura, K. AU - Ye, Z. AU - Wang, Q. AU - Bresnick, E. H. AU - Farnham, P. J. AU - Jin, V. X. PY - 2012 DA - 2012// TI - Integration of Hi-C and ChIP-seq data reveals distinct types of chromatin linkages JO - Nucleic Acids Res VL - 40 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gks501 DO - 10.1093/nar/gks501 ID - Lan2012 ER - TY - JOUR AU - Jadhav, R. R. AU - Ye, Z. AU - Huang, R. L. AU - Liu, J. AU - Hsu, P. Y. AU - Huang, Y. W. AU - Rangel, L. B. AU - Lai, H. C. AU - Roa, J. C. AU - Kirma, N. B. AU - Huang, T. H. AU - Jin, V. X. PY - 2015 DA - 2015// TI - Genome-wide DNA methylation analysis reveals estrogen-mediated epigenetic repression of metallothionein-1 gene cluster in breast cancer JO - Clin Epigenetics VL - 7 UR - https://doi.org/10.1186/s13148-015-0045-9 DO - 10.1186/s13148-015-0045-9 ID - Jadhav2015 ER - TY - JOUR AU - Sanyal, A. AU - Lajoie, B. R. AU - Jain, G. AU - Dekker, J. PY - 2012 DA - 2012// TI - The long-range interaction landscape of gene promoters JO - Nature. VL - 489 UR - https://doi.org/10.1038/nature11279 DO - 10.1038/nature11279 ID - Sanyal2012 ER - TY - JOUR AU - Wedel, M. AU - Desarbo, W. S. AU - Bult, J. R. AU - Ramaswamy, V. PY - 1993 DA - 1993// TI - A latent class Poisson regression model for heterogeneous count data JO - J Appl Econ VL - 8 UR - https://doi.org/10.1002/jae.3950080407 DO - 10.1002/jae.3950080407 ID - Wedel1993 ER - TY - JOUR AU - Yang, M. AU - Lai, C. PY - 2005 DA - 2005// TI - Mixture Poisson regression models for heterogeneous count data based on latent and fuzzy class analysis JO - Soft Comput VL - 9 UR - https://doi.org/10.1007/s00500-004-0368-5 DO - 10.1007/s00500-004-0368-5 ID - Yang2005 ER - TY - JOUR AU - Do, C. B. AU - Batzoglou, S. PY - 2008 DA - 2008// TI - What is the expectation maximization algorithm JO - Nat Biotechnol VL - 26 UR - https://doi.org/10.1038/nbt1406 DO - 10.1038/nbt1406 ID - Do2008 ER - TY - JOUR AU - Gupta, M. R. AU - Chen, Y. PY - 2010 DA - 2010// TI - Theory and use of the em algorithm JO - Foundations and Trends in Signal Processing VL - 4 UR - https://doi.org/10.1561/2000000034 DO - 10.1561/2000000034 ID - Gupta2010 ER - TY - JOUR AU - Newman, M. E. J. PY - 2005 DA - 2005// TI - Power laws, Pareto distributions and Zipf’s law JO - Contemp Phys VL - 46 UR - https://doi.org/10.1080/00107510500052444 DO - 10.1080/00107510500052444 ID - Newman2005 ER - TY - JOUR AU - Dixon, J. R. AU - Jung, I. AU - Selvaraj, S. AU - Shen, Y. AU - Antosiewicz-Bourget, J. E. AU - Lee, A. Y. AU - Ye, Z. AU - Kim, A. AU - Rajagopal, N. AU - Xie, W. AU - Diao, Y. AU - Liang, J. AU - Zhao, H. AU - Lobanenkov, V. V. AU - Ecker, J. R. AU - Thomson, J. A. AU - Ren, B. PY - 2015 DA - 2015// TI - Chromatin architecture reorganization during stem cell differentiation JO - Nature. VL - 518 UR - https://doi.org/10.1038/nature14222 DO - 10.1038/nature14222 ID - Dixon2015 ER - TY - JOUR AU - Barutcu, A. R. AU - Lajoie, B. R. AU - McCord, R. P. AU - Tye, C. E. PY - 2015 DA - 2015// TI - Chromatin interaction analysis reveals changes in small chromosome and telomere clustering between epithelial and breast cancer cells JO - Genome Biol VL - 28 ID - Barutcu2015 ER - TY - JOUR AU - Zhou, Y. AU - Gerrard, D. L. AU - Wang, J. AU - Li, T. AU - Yang, Y. AU - Fritz, A. J. AU - Rajendran, M. AU - Fu, X. AU - Schiff, R. AU - Lin, S. AU - Frietze, S. AU - Jin, V. X. PY - 2019 DA - 2019// TI - Temporal dynamic reorganization of 3D chromatin architecture in hormone-induced breast cancer and endocrine resistance JO - Nature Commun VL - 10 UR - https://doi.org/10.1038/s41467-019-09320-9 DO - 10.1038/s41467-019-09320-9 ID - Zhou2019 ER - TY - STD TI - Li, H. seqtk Toolkit for processing sequences in FASTA/Q formats. 2012. Available from: https://github.com/lh3/seqtk. UR - https://github.com/lh3/seqtk ID - ref38 ER - TY - JOUR AU - Conesa, A. AU - Madrigal, P. AU - Tarazona, S. AU - Gomez-Cabrero, D. AU - Cervera, A. AU - McPherson, A. AU - Szcześniak, M. W. AU - Gaffney, D. J. AU - Elo, L. L. AU - Zhang, X. AU - Mortazavi, A. PY - 2016 DA - 2016// TI - A survey of best practices for RNA-seq data analysis JO - Genome Biol VL - 17 UR - https://doi.org/10.1186/s13059-016-0881-8 DO - 10.1186/s13059-016-0881-8 ID - Conesa2016 ER - TY - STD TI - Zhou Y, Cheng X, Yang Y, Li T, Li J, Huang TH, Wang J, Lin S, and Jin VX. Modeling and analysis of Hi-C data by HiSIF identifies characteristic promoter-distal loops. Github. https://github.com/yufanzhouonline/HiSIF (2020). UR - https://github.com/yufanzhouonline/HiSIF ID - ref40 ER - TY - JOUR AU - Lajoie, B. R. AU - Dekker, J. AU - Kaplan, N. PY - 2015 DA - 2015// TI - The Hitchhiker’s guide to Hi-C analysis: practical guidelines JO - Methods(San Diego, Calif.) VL - 72 UR - https://doi.org/10.1016/j.ymeth.2014.10.031 DO - 10.1016/j.ymeth.2014.10.031 ID - Lajoie2015 ER - TY - JOUR AU - Kaul, A. AU - Bhattacharyya, S. AU - Ay, F. PY - 2020 DA - 2020// TI - Identifying statistically significant chromatin contacts from Hi-C data with FitHiC2 JO - Nat Protoc VL - 15 UR - https://doi.org/10.1038/s41596-019-0273-0 DO - 10.1038/s41596-019-0273-0 ID - Kaul2020 ER - TY - JOUR AU - Hagège, H. AU - Klous, P. AU - Braem, C. AU - Splinter, E. AU - Dekker, J. AU - Cathala, G. AU - Laat, W. AU - Forné, T. PY - 2007 DA - 2007// TI - Quantitative analysis of chromosome conformation capture assays (3C-qPCR) JO - Nat Protoc VL - 2 UR - https://doi.org/10.1038/nprot.2007.243 DO - 10.1038/nprot.2007.243 ID - Hagège2007 ER - TY - JOUR AU - Fulco, C. P. AU - Nasser, J. AU - Jones, T. R. AU - Munson, G. AU - Bergman, D. T. AU - Subramanian, V. AU - Grossman, S. R. AU - Anyoha, R. AU - Doughty, B. R. AU - Patwardhan, T. A. AU - Nguyen, T. H. AU - Kane, M. AU - Perez, E. M. AU - Durand, N. C. AU - Lareau, C. A. AU - Stamenova, E. K. AU - Aiden, E. L. AU - Lander, E. S. AU - Engreitz, J. M. PY - 2019 DA - 2019// TI - Activity-by-contact model of enhancer-promoter regulation from thousands of CRISPR perturbations JO - Nat Genet VL - 51 UR - https://doi.org/10.1038/s41588-019-0538-0 DO - 10.1038/s41588-019-0538-0 ID - Fulco2019 ER - TY - JOUR AU - Subramanian, A. AU - Tamayo, P. AU - Mootha, V. K. AU - Mukherjee, S. AU - Ebert, B. L. AU - Gillette, M. A. AU - Paulovich, A. AU - Pomeroy, S. L. AU - Golub, T. R. AU - Lander, E. S. PY - 2005 DA - 2005// TI - Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles JO - Proc Natl Acad Sci U S A VL - 102 UR - https://doi.org/10.1073/pnas.0506580102 DO - 10.1073/pnas.0506580102 ID - Subramanian2005 ER - TY - JOUR AU - Warde-Farley, D. AU - Donaldson, S. L. AU - Comes, O. AU - Zuberi, K. AU - Badrawi, R. AU - Chao, P. AU - Franz, M. AU - Grouios, C. AU - Kazi, F. AU - Lopes, C. T. AU - Maitland, A. AU - Mostafavi, S. AU - Montojo, J. AU - Shao, Q. AU - Wright, G. AU - Bader, G. D. AU - Morris, Q. PY - 2010 DA - 2010// TI - The GeneMANIA prediction server: biological network integration for gene prioritization and predicting gene function JO - Nucleic Acids Res VL - 38 UR - https://doi.org/10.1093/nar/gkq537 DO - 10.1093/nar/gkq537 ID - Warde-Farley2010 ER - TY - JOUR AU - Lanczky, A. AU - Nagy, A. AU - Bottai, G. AU - Munkacsy, G. AU - Paladini, L. AU - Szabo, A. AU - Santarpia, L. AU - Gyorffy, B. PY - 2016 DA - 2016// TI - miRpower: a web-tool to validate survival-associated miRNAs utilizing expression data from 2,178 breast cancer patients JO - Breast Cancer Res Treat VL - 160 UR - https://doi.org/10.1007/s10549-016-4013-7 DO - 10.1007/s10549-016-4013-7 ID - Lanczky2016 ER - TY - JOUR AU - Forcato, M. AU - Nicoletti, C. AU - Pal, K. AU - Livi, C. M. AU - Ferrari, F. AU - Bicciato, S. PY - 2017 DA - 2017// TI - Comparison of computational methods for hi-C data analysis JO - Nat Methods VL - 14 UR - https://doi.org/10.1038/nmeth.4325 DO - 10.1038/nmeth.4325 ID - Forcato2017 ER - TY - JOUR AU - Kikawa, K. D. AU - Vidale, D. R. AU - Etten, R. L. AU - Kinch, M. S. PY - 2002 DA - 2002// TI - Regulation of the EphA2 kinase by the low molecular weight tyrosine phosphatase induces transformation JO - J Biol Chem VL - 277 UR - https://doi.org/10.1074/jbc.M207127200 DO - 10.1074/jbc.M207127200 ID - Kikawa2002 ER - TY - JOUR AU - Li, X. AU - Zhou, Q. AU - Sunkara, M. AU - Kutys, M. L. AU - Wu, Z. AU - Rychahou, P. AU - Morris, A. J. AU - Zhu, H. AU - Evers, B. M. AU - Huang, C. PY - 2013 DA - 2013// TI - Ubiquitylation of phosphatidylinositol 4-phosphate 5-kinase type I γ by HECTD1 regulates focal adhesion dynamics and cell migration JO - J Cell Sci VL - 126 ID - Li2013 ER - TY - JOUR AU - Lee, Y. H. AU - Kim, J. H. AU - Song, G. G. PY - 2014 DA - 2014// TI - Genome-wide pathway analysis of breast cancer JO - Tumour Biol VL - 35 UR - https://doi.org/10.1007/s13277-014-2027-5 DO - 10.1007/s13277-014-2027-5 ID - Lee2014 ER - TY - STD TI - Barnawi R, Al-Khaldi S, Colak D, Tulbah A, Al-Tweigeri T, Fallatah M, Monies D, Ghebeh H, Al-Alwan M. β1 Integrin is essential for fascin-mediated breast cancer stem cell function and disease progression. Int J Cancer. 2019;https://doi.org/10.1002/ijc.32183. ID - ref52 ER - TY - JOUR AU - Huang, C. AU - Park, C. C. AU - Hilsenbeck, S. G. AU - Ward, R. AU - Rimawi, M. F. AU - Wang, Y. C. AU - Shou, J. AU - Bissell, M. J. AU - Osborne, C. K. AU - Schiff, R. PY - 2011 DA - 2011// TI - β1 integrin mediates an alternative survival pathway in breast cancer cells resistant to lapatinib JO - Breast Cancer Res VL - 13 UR - https://doi.org/10.1186/bcr2936 DO - 10.1186/bcr2936 ID - Huang2011 ER - TY - JOUR AU - Hanker, A. B. AU - Estrada, M. V. AU - Bianchini, G. AU - Moore, P. D. AU - Zhao, J. AU - Cheng, F. AU - Koch, J. P. AU - Gianni, L. AU - Tyson, D. R. AU - Sánchez, V. AU - Rexer, B. N. AU - Sanders, M. E. AU - Zhao, Z. AU - Stricker, T. P. AU - Arteaga, C. L. PY - 2017 DA - 2017// TI - Extracellular matrix/integrin signaling promotes resistance to combined inhibition of HER2 and PI3K in HER2+ breast cancer JO - Cancer Res VL - 77 UR - https://doi.org/10.1158/0008-5472.CAN-16-2808 DO - 10.1158/0008-5472.CAN-16-2808 ID - Hanker2017 ER - TY - STD TI - Liu M, Gou L, Xia J, Wan Q, Jiang Y, Sun S, Tang M, He T, Zhang Y. LncRNA ITGB2-AS1 could promote the migration and invasion of breast cancer cells through up-regulating ITGB2. Int J Mol Sci. 2018;19(7):1866. ID - ref55 ER - TY - JOUR AU - Matsuura, M. AU - Onimaru, M. AU - Yonemitsu, Y. AU - Suzuki, H. AU - Nakano, T. AU - Ishibashi, H. AU - Shirasuna, K. AU - Sueishi, K. PY - 2009 DA - 2009// TI - Autocrine loop between vascular endothelial growth factor (VEGF)-C and VEGF receptor-3 positively regulates tumor-associated lymphangiogenesis in oral squamoid cancer cells JO - Am J Pathol VL - 175 UR - https://doi.org/10.2353/ajpath.2009.081139 DO - 10.2353/ajpath.2009.081139 ID - Matsuura2009 ER - TY - JOUR AU - Lichtenberger, B. M. AU - Tan, P. K. AU - Niederleithner, H. AU - Ferrara, N. AU - Petzelbauer, P. AU - Sibilia, M. PY - 2010 DA - 2010// TI - Autocrine VEGF signaling synergizes with EGFR in tumor cells to promote epithelial cancer development JO - Cell. VL - 140 UR - https://doi.org/10.1016/j.cell.2009.12.046 DO - 10.1016/j.cell.2009.12.046 ID - Lichtenberger2010 ER - TY - JOUR AU - Bachelder, R. E. AU - Crago, A. AU - Chung, J. AU - Wendt, M. A. AU - Shaw, L. M. AU - Robinson, G. AU - Mercurio, A. M. PY - 2001 DA - 2001// TI - Vascular endothelial growth factor is an autocrine survival factor for neuropilin-expressing breast carcinoma cells JO - Cancer Res VL - 61 ID - Bachelder2001 ER - TY - JOUR AU - Wanami, L. S. AU - Chen, H. Y. AU - Peiró, S. AU - García de Herreros, A. AU - Bachelder, R. E. PY - 2008 DA - 2008// TI - Vascular endothelial growth factor-a stimulates snail expression in breast tumor cells: implications for tumor progression JO - Exp Cell Res VL - 314 UR - https://doi.org/10.1016/j.yexcr.2008.05.004 DO - 10.1016/j.yexcr.2008.05.004 ID - Wanami2008 ER - TY - JOUR AU - Hansen, W. AU - Hutzler, M. AU - Abel, S. AU - Alter, C. AU - Stockmann, C. AU - Kliche, S. AU - Albert, J. AU - Sparwasser, T. AU - Sakaguchi, S. AU - Westendorf, A. M. AU - Schadendorf, D. AU - Buer, J. AU - Helfrich, I. PY - 2012 DA - 2012// TI - Neuropilin 1 deficiency on CD4+Foxp3+ regulatory T cells impairs mouse melanoma growth JO - J Exp Med VL - 209 UR - https://doi.org/10.1084/jem.20111497 DO - 10.1084/jem.20111497 ID - Hansen2012 ER - TY - JOUR AU - Zirlik, K. AU - Duyster, J. PY - 2018 DA - 2018// TI - Anti-angiogenics: current situation and future perspectives JO - Oncol Res Treat VL - 41 UR - https://doi.org/10.1159/000488087 DO - 10.1159/000488087 ID - Zirlik2018 ER - TY - JOUR AU - Bae, Y. K. AU - Kim, A. AU - Kim, M. K. AU - Choi, J. E. AU - Kang, S. H. AU - Lee, S. J. PY - 2013 DA - 2013// TI - Fibronectin expression in carcinoma cells correlates with tumor aggressiveness and poor clinical outcome in patients with invasive breast cancer JO - Hum Pathol VL - 44 UR - https://doi.org/10.1016/j.humpath.2013.03.006 DO - 10.1016/j.humpath.2013.03.006 ID - Bae2013 ER - TY - JOUR AU - Zhou, Z. AU - Qutaish, M. AU - Han, Z. AU - Schur, R. M. AU - Liu, Y. AU - Wilson, D. L. AU - Lu, Z. R. PY - 2015 DA - 2015// TI - MRI detection of breast cancer micrometastases with a fibronectin-targeting contrast agent JO - Nat Commun VL - 6 UR - https://doi.org/10.1038/ncomms8984 DO - 10.1038/ncomms8984 ID - Zhou2015 ER - TY - JOUR AU - Li, C. L. AU - Yang, D. AU - Cao, X. AU - Wang, F. AU - Hong, D. Y. AU - Wang, J. AU - Shen, X. C. AU - Chen, Y. PY - 2017 DA - 2017// TI - Fibronectin induces epithelial-mesenchymal transition in human breast cancer MCF-7 cells via activation of calpain JO - Oncol Lett VL - 13 UR - https://doi.org/10.3892/ol.2017.5896 DO - 10.3892/ol.2017.5896 ID - Li2017 ER - TY - JOUR AU - Kischel, P. AU - Bellahcene, A. AU - Deux, B. AU - Lamour, V. AU - Dobson, R. AU - Pauw, E. AU - Clezardin, P. AU - Castronovo, V. PY - 2012 DA - 2012// TI - Overexpression of CD9 in human breast cancer cells promotes the development of bone metastases JO - Anticancer Res VL - 32 ID - Kischel2012 ER - TY - JOUR AU - Rappa, G. AU - Green, T. M. AU - Karbanová, J. AU - Corbeil, D. AU - Lorico, A. PY - 2015 DA - 2015// TI - Tetraspanin CD9 determines invasiveness and tumorigenicity of human breast cancer cells JO - Oncotarget. VL - 6 UR - https://doi.org/10.18632/oncotarget.3419 DO - 10.18632/oncotarget.3419 ID - Rappa2015 ER -