Skip to main content

Table 1 Most frequent non-synonymous mutations found in the 150,090 global SARS-CoV-2 whole genome sequences

From: An integrated in silico immuno-genetic analytical platform provides insights into COVID-19 serological and vaccine targets

Protein* Pos. Ref. Allele Alt. Allele Alt. Allele Freq. Dominant Alt. Allele Freq. (150090) Europe (88266) Asia (7818) NAm (38203) SAm (1702) AFR (1211) OCE (12837) UK (68017)**
S 614 D V:G:S:N 1:131490:2:10 0.877 0.975 0.940 0.866 0.890 0.866 0.868 0.883
nsp12 314 N H:F:L:S 2:114:131053:1 0.876 0.973 0.938 0.863 0.887 0.876 0.865 0.881
N 203 R G:K:M:I:S 9:57773:73:1:37 0.388 0.426 0.394 0.374 0.316 0.393 0.440 0.380
N 204 G R:V:L:Q:T 57,327:5:319:4:1 0.385 0.424 0.393 0.373 0.312 0.392 0.439 0.379
orf3a 57 Q K:Y:R:H:L 1:6:6:35047:2 0.234 0.267 0.227 0.236 0.210 0.193 0.199 0.248
nsp2 85 T V:I 1:25913 0.173 0.195 0.156 0.180 0.160 0.090 0.153 0.180
nsp6 37 L F 11,992 0.080 0.087 0.112 0.079 0.061 0.082 0.073 0.079
nsp2 120 I V:F:M 7:11996:1 0.080 0.094 0.061 0.082 0.059 0.054 0.059 0.083
S 222 A T:V:P:I:S:F 4:11819:2:1:12:1 0.079 0.099 0.148 0.057 0.177 0.135 0.026 0.085
orf10 30 V A:I:L 2:2:11619 0.078 0.097 0.146 0.056 0.176 0.132 0.025 0.084
N 220 A V:T 11,555:5 0.077 0.097 0.146 0.056 0.176 0.131 0.025 0.083
S 477 S T:R:G:I:N:K 1:19:2:59:9811:1 0.067 0.077 0.044 0.070 0.048 0.045 0.043 0.068
N 194 S A:L:P:T 30:6441:2:1 0.043 0.052 0.043 0.035 0.031 0.053 0.038 0.049
orf8 84 L F:C:S:V 1:1:6338:1 0.042 0.046 0.053 0.043 0.049 0.040 0.048 0.042
orf8 24 S L 6151 0.041 0.053 0.033 0.036 0.034 0.009 0.022 0.048
S 18 L F:I 5888:1 0.040 0.048 0.071 0.030 0.106 0.059 0.017 0.041
nsp5 15 G S:D 5433:5 0.036 0.039 0.035 0.036 0.022 0.038 0.044 0.036
orf3a 251 G V:S:D:C 5252:31:4:6 0.035 0.035 0.063 0.037 0.031 0.040 0.034 0.030
nsp13 541 Y C 2606 0.017 0.019 0.032 0.017 0.018 0.021 0.019 0.017
nsp13 504 P L:H:S 2535:1:111 0.017 0.020 0.032 0.017 0.018 0.022 0.021 0.017
  1. Pos. position, Freq. frequency, NAm North America, SAm South America, AFR Africa, OCE Oceania, REF reference, ALT alternative, *S spike, M membrane, N nucleocapsid, ** included in Europe