Skip to main content

Table 10 Comparison of MeSHOP results for pancreatic cancer candidate genes

From: Inferring novel gene-disease associations using Medical Subject Heading Over-representation Profiles

Gene

Entrez gene

Predicted similarity

Rank

Percentile

Mutations

Deletions

Passenger probability: low rates

Passenger probability: mid rates

Passenger probability: high rates

TP53

7157

1.24E+08

11

100

18

2

< 0.001

< 0.001

< 0.001

CDKN2A

1029

8.29E+07

135

99

2

16

< 0.001

< 0.001

< 0.001

KRAS

3845

6.95E+07

266

99

24

0

< 0.001

< 0.001

< 0.001

TGFBR2

7048

6.76E+07

288

99

3

1

< 0.001

0.001

0.003

EP300

2033

6.37E+07

351

99

2

0

0.176

0.482

0.984

SMAD4

4089

6.14E+07

386

98

8

6

< 0.001

< 0.001

< 0.001

ELN

2006

5.57E+07

509

98

2

0

0.115

0.372

0.413

F8

2157

5.51E+07

530

98

2

0

0.165

0.482

0.853

SCN5A

6331

5.18E+07

629

98

2

0

0.176

0.482

1.000

PRKCG

5582

4.77E+07

798

97

2

0

0.115

0.372

0.413

TPO

7173

4.71E+07

831

97

2

0

0.115

0.375

0.694

PPP1R3A

5506

4.50E+07

946

96

2

0

0.115

0.477

0.694

SMARCA4

6597

4.04E+07

1243

95

2

0

0.062

0.183

0.413

COL5A1

1289

3.72E+07

1518

94

2

0

0.176

0.482

0.984

MEP1A

4224

3.38E+07

1895

92

2

0

0.062

0.183

0.413

IL2RG

3561

2.95E+07

2652

89

1

0

0.004

0.016

0.997

ATP10A

57194

2.77E+07

2974

88

2

0

0.176

0.482

1.000

MYH2

4620

2.71E+07

3063

88

2

0

0.165

0.477

0.853

GRIA3

2892

2.62E+07

3281

87

1

1

0.017

0.069

0.999

ABCA7

10347

2.56E+07

3426

86

2

0

0.033

0.139

0.201

DLG3

1741

2.51E+07

3540

86

1

0

0.003

0.015

0.997

DLC1

10395

2.47E+07

3645

86

2

0

0.176

0.482

1.000

GLTSCR1

29998

2.06E+07

5082

80

2

0

0.062

0.183

0.405

PCSK6

5046

2.02E+07

5240

79

2

0

0.176

0.482

0.911

EVPL

2125

2.00E+07

5329

79

2

0

0.176

0.482

0.942

NRG2

9542

1.95E+07

5537

78

2

0

0.165

0.477

0.853

SLITRK5

26050

1.93E+07

5655

78

2

0

0.165

0.477

0.853

SEMA5B

54437

1.92E+07

5713

77

2

0

0.062

0.183

0.413

DPP6

1804

1.86E+07

6025

76

3

0

0.009

0.079

0.201

PCDH15

65217

1.84E+07

6162

76

4

0

< 0.001

0.017

0.048

FMN2

56776

1.82E+07

6266

75

2

0

0.176

0.482

0.911

CACNA2D1

781

1.77E+07

6597

74

1

0

0.001

0.004

0.989

DLEC1

9940

1.70E+07

7039

72

2

0

0.176

0.482

0.911

MLL3

58508

1.69E+07

7090

72

6

0

< 0.001

< 0.001

< 0.001

PB1

55193

1.63E+07

7597

70

2

0

0.165

0.477

0.853

LRRN3

54674

1.60E+07

7856

69

2

0

0.062

0.183

0.405

CYFIP1

23191

1.56E+07

8225

67

3

0

0.009

0.079

0.201

SF3B1

23451

1.55E+07

8290

67

3

0

0.009

0.079

0.201

PXDN

7837

1.55E+07

8302

67

2

0

0.176

0.482

1.000

TNR

7143

1.54E+07

8453

66

2

0

0.176

0.482

0.911

SN

6614

1.53E+07

8484

66

2

0

0.176

0.482

1.000

SLC6A15

55117

1.53E+07

8488

66

2

0

0.062

0.183

0.405

ARID1A

8289

1.51E+07

8688

66

2

0

0.176

0.482

0.984

SLC1A6

6511

1.48E+07

8908

65

2

0

0.115

0.477

0.694

LRRTM4

80059

1.46E+07

9064

64

2

0

0.062

0.183

0.413

GALNT13

114805

1.42E+07

9651

62

2

0

0.062

0.183

0.405

GUCY1A2

2977

1.39E+07

9964

60

2

0

0.062

0.183

0.405

ZNF638

27332

1.37E+07

10174

60

2

0

0.115

0.375

0.694

PDZRN3

23024

1.33E+07

10522

58

2

0

0.033

0.082

0.201

DOCK2

1794

1.33E+07

10612

58

2

0

0.062

0.183

0.405

MIZF

25988

1.32E+07

10714

58

2

0

0.062

0.183

0.405

DACH2

117154

1.30E+07

10883

57

1

1

0.022

0.088

1.000

ST6GAL2

84620

1.26E+07

11302

55

2

0

0.115

0.375

0.694

KBTBD11

9920

1.19E+07

12083

52

1

1

0.006

0.025

0.998

CNTN5

53942

1.18E+07

12231

51

2

0

0.115

0.375

0.694

ABLIM2

84448

1.17E+07

12471

51

2

0

0.062

0.183

0.405

PCDH18

54510

1.14E+07

12864

49

2

0

0.115

0.375

0.694

ADAMTS20

80070

1.09E+07

13668

46

2

0

0.176

0.482

0.911

CDH10

1008

1.09E+07

13703

46

3

0

< 0.001

0.017

0.048

KIAA1024

23251

1.09E+07

13715

46

2

0

0.115

0.375

0.694

TBX18

9096

1.08E+07

13821

45

2

0

0.062

0.183

0.413

LRFN5

145581

1.07E+07

13894

45

2

0

0.062

0.183

0.405

DEPDC2

80243

1.07E+07

13953

45

3

0

0.055

0.183

0.405

FMNL3

91010

1.05E+07

14376

43

2

0

0.055

0.179

0.405

TM7SF4

81501

1.03E+07

14681

42

2

0

0.055

0.179

0.405

OR10R2

343406

1.02E+07

15126

40

2

0

0.033

0.139

0.317

GPR133

283383

1.02E+07

15188

40

2

0

0.062

0.183

0.405

PCDH17

27253

1.01E+07

15355

39

2

0

0.062

0.183

0.405

BAI3

577

9.58E+06

16457

35

3

0

0.033

0.082

0.201

KIAA0774

23281

9.49E+06

16660

34

2

0

0.176

0.482

0.984

CTNNA2

1496

9.42E+06

16781

33

3

0

0.033

0.179

0.405

KLHDC4

54758

8.66E+06

18571

26

2

0

0.033

0.082

0.201

ZAN

7455

8.45E+06

19030

25

2

0

0.176

0.482

0.984

DKFZP586P0123

26005

7.38E+06

20579

18

2

0

0.165

0.477

0.853

UNC13C

440279

7.38E+06

20835

17

2

0

0.115

0.372

0.694

FLJ39155

133584

7.38E+06

21333

15

2

0

0.176

0.482

0.942

RASSF6

166824

7.38E+06

21543

15

2

0

0.062

0.183

0.405

OVCH1

341350

5.79E+06

24923

1

2

0

0.165

0.477

0.853

Q9H5F0_HUMAN

 

NA

NA

NA

3

0

< 0.001

0.004

0.009

Q9H8A7_HUMAN

 

NA

NA

NA

2

0

0.165

0.477

0.853

FLJ46481

389197

NA

NA

NA

2

0

0.062

0.183

0.405

XR_017918.1

 

NA

NA

NA

2

0

0.062

0.183

0.405

LOC441136

441136

NA

NA

NA

2

0

0.009

0.079

0.201

  1. This table shows all genes from Supplementary Table S7 of Jones et al. [43] listed by strength of MeSHOP similarity score (via the L2 of log-p of overlapping terms only metric). NA, no MeSHOP available.