Skip to main content

Table 10 Comparison of MeSHOP results for pancreatic cancer candidate genes

From: Inferring novel gene-disease associations using Medical Subject Heading Over-representation Profiles

Gene Entrez gene Predicted similarity Rank Percentile Mutations Deletions Passenger probability: low rates Passenger probability: mid rates Passenger probability: high rates
TP53 7157 1.24E+08 11 100 18 2 < 0.001 < 0.001 < 0.001
CDKN2A 1029 8.29E+07 135 99 2 16 < 0.001 < 0.001 < 0.001
KRAS 3845 6.95E+07 266 99 24 0 < 0.001 < 0.001 < 0.001
TGFBR2 7048 6.76E+07 288 99 3 1 < 0.001 0.001 0.003
EP300 2033 6.37E+07 351 99 2 0 0.176 0.482 0.984
SMAD4 4089 6.14E+07 386 98 8 6 < 0.001 < 0.001 < 0.001
ELN 2006 5.57E+07 509 98 2 0 0.115 0.372 0.413
F8 2157 5.51E+07 530 98 2 0 0.165 0.482 0.853
SCN5A 6331 5.18E+07 629 98 2 0 0.176 0.482 1.000
PRKCG 5582 4.77E+07 798 97 2 0 0.115 0.372 0.413
TPO 7173 4.71E+07 831 97 2 0 0.115 0.375 0.694
PPP1R3A 5506 4.50E+07 946 96 2 0 0.115 0.477 0.694
SMARCA4 6597 4.04E+07 1243 95 2 0 0.062 0.183 0.413
COL5A1 1289 3.72E+07 1518 94 2 0 0.176 0.482 0.984
MEP1A 4224 3.38E+07 1895 92 2 0 0.062 0.183 0.413
IL2RG 3561 2.95E+07 2652 89 1 0 0.004 0.016 0.997
ATP10A 57194 2.77E+07 2974 88 2 0 0.176 0.482 1.000
MYH2 4620 2.71E+07 3063 88 2 0 0.165 0.477 0.853
GRIA3 2892 2.62E+07 3281 87 1 1 0.017 0.069 0.999
ABCA7 10347 2.56E+07 3426 86 2 0 0.033 0.139 0.201
DLG3 1741 2.51E+07 3540 86 1 0 0.003 0.015 0.997
DLC1 10395 2.47E+07 3645 86 2 0 0.176 0.482 1.000
GLTSCR1 29998 2.06E+07 5082 80 2 0 0.062 0.183 0.405
PCSK6 5046 2.02E+07 5240 79 2 0 0.176 0.482 0.911
EVPL 2125 2.00E+07 5329 79 2 0 0.176 0.482 0.942
NRG2 9542 1.95E+07 5537 78 2 0 0.165 0.477 0.853
SLITRK5 26050 1.93E+07 5655 78 2 0 0.165 0.477 0.853
SEMA5B 54437 1.92E+07 5713 77 2 0 0.062 0.183 0.413
DPP6 1804 1.86E+07 6025 76 3 0 0.009 0.079 0.201
PCDH15 65217 1.84E+07 6162 76 4 0 < 0.001 0.017 0.048
FMN2 56776 1.82E+07 6266 75 2 0 0.176 0.482 0.911
CACNA2D1 781 1.77E+07 6597 74 1 0 0.001 0.004 0.989
DLEC1 9940 1.70E+07 7039 72 2 0 0.176 0.482 0.911
MLL3 58508 1.69E+07 7090 72 6 0 < 0.001 < 0.001 < 0.001
PB1 55193 1.63E+07 7597 70 2 0 0.165 0.477 0.853
LRRN3 54674 1.60E+07 7856 69 2 0 0.062 0.183 0.405
CYFIP1 23191 1.56E+07 8225 67 3 0 0.009 0.079 0.201
SF3B1 23451 1.55E+07 8290 67 3 0 0.009 0.079 0.201
PXDN 7837 1.55E+07 8302 67 2 0 0.176 0.482 1.000
TNR 7143 1.54E+07 8453 66 2 0 0.176 0.482 0.911
SN 6614 1.53E+07 8484 66 2 0 0.176 0.482 1.000
SLC6A15 55117 1.53E+07 8488 66 2 0 0.062 0.183 0.405
ARID1A 8289 1.51E+07 8688 66 2 0 0.176 0.482 0.984
SLC1A6 6511 1.48E+07 8908 65 2 0 0.115 0.477 0.694
LRRTM4 80059 1.46E+07 9064 64 2 0 0.062 0.183 0.413
GALNT13 114805 1.42E+07 9651 62 2 0 0.062 0.183 0.405
GUCY1A2 2977 1.39E+07 9964 60 2 0 0.062 0.183 0.405
ZNF638 27332 1.37E+07 10174 60 2 0 0.115 0.375 0.694
PDZRN3 23024 1.33E+07 10522 58 2 0 0.033 0.082 0.201
DOCK2 1794 1.33E+07 10612 58 2 0 0.062 0.183 0.405
MIZF 25988 1.32E+07 10714 58 2 0 0.062 0.183 0.405
DACH2 117154 1.30E+07 10883 57 1 1 0.022 0.088 1.000
ST6GAL2 84620 1.26E+07 11302 55 2 0 0.115 0.375 0.694
KBTBD11 9920 1.19E+07 12083 52 1 1 0.006 0.025 0.998
CNTN5 53942 1.18E+07 12231 51 2 0 0.115 0.375 0.694
ABLIM2 84448 1.17E+07 12471 51 2 0 0.062 0.183 0.405
PCDH18 54510 1.14E+07 12864 49 2 0 0.115 0.375 0.694
ADAMTS20 80070 1.09E+07 13668 46 2 0 0.176 0.482 0.911
CDH10 1008 1.09E+07 13703 46 3 0 < 0.001 0.017 0.048
KIAA1024 23251 1.09E+07 13715 46 2 0 0.115 0.375 0.694
TBX18 9096 1.08E+07 13821 45 2 0 0.062 0.183 0.413
LRFN5 145581 1.07E+07 13894 45 2 0 0.062 0.183 0.405
DEPDC2 80243 1.07E+07 13953 45 3 0 0.055 0.183 0.405
FMNL3 91010 1.05E+07 14376 43 2 0 0.055 0.179 0.405
TM7SF4 81501 1.03E+07 14681 42 2 0 0.055 0.179 0.405
OR10R2 343406 1.02E+07 15126 40 2 0 0.033 0.139 0.317
GPR133 283383 1.02E+07 15188 40 2 0 0.062 0.183 0.405
PCDH17 27253 1.01E+07 15355 39 2 0 0.062 0.183 0.405
BAI3 577 9.58E+06 16457 35 3 0 0.033 0.082 0.201
KIAA0774 23281 9.49E+06 16660 34 2 0 0.176 0.482 0.984
CTNNA2 1496 9.42E+06 16781 33 3 0 0.033 0.179 0.405
KLHDC4 54758 8.66E+06 18571 26 2 0 0.033 0.082 0.201
ZAN 7455 8.45E+06 19030 25 2 0 0.176 0.482 0.984
DKFZP586P0123 26005 7.38E+06 20579 18 2 0 0.165 0.477 0.853
UNC13C 440279 7.38E+06 20835 17 2 0 0.115 0.372 0.694
FLJ39155 133584 7.38E+06 21333 15 2 0 0.176 0.482 0.942
RASSF6 166824 7.38E+06 21543 15 2 0 0.062 0.183 0.405
OVCH1 341350 5.79E+06 24923 1 2 0 0.165 0.477 0.853
Q9H5F0_HUMAN   NA NA NA 3 0 < 0.001 0.004 0.009
Q9H8A7_HUMAN   NA NA NA 2 0 0.165 0.477 0.853
FLJ46481 389197 NA NA NA 2 0 0.062 0.183 0.405
XR_017918.1   NA NA NA 2 0 0.062 0.183 0.405
LOC441136 441136 NA NA NA 2 0 0.009 0.079 0.201
  1. This table shows all genes from Supplementary Table S7 of Jones et al. [43] listed by strength of MeSHOP similarity score (via the L2 of log-p of overlapping terms only metric). NA, no MeSHOP available.